天然V區(qū)可以被看作是在經(jīng)歷過或未經(jīng)歷過抗原刺激的淋巴細胞中所發(fā)現(xiàn)的結(jié)構(gòu)。結(jié)果，有些擴增的V基因?qū)侵嘏诺母蜗祷?，而另外的則含有B細胞與抗原相遇所誘導(dǎo)產(chǎn)生的突變體。這些基因擴增所用引物可以識別V基因的5’端scFv單鏈抗體和J基因的3’端或者是CI。或CHl結(jié)構(gòu)域的5’端。總體上，大多數(shù)天然來源的擴增V區(qū)基因是功能性的，其中不包含終止密碼子或者框移。這是因為B細胞中非功能性V區(qū)轉(zhuǎn)錄會受到抑制。應(yīng)當(dāng)注意的是，雜交瘤細胞中的情況并非如此，瘤細胞中經(jīng)常會有非功能性V區(qū)出現(xiàn)。

合成性V區(qū)通常是用PCR構(gòu)建的。這涉及用長核苷酸引物將隨機的CDR3和框架區(qū)4添加到所克隆的免疫球蛋白基因3’端。CDR3是通過擴增引物中NNS構(gòu)建而成的。這個設(shè)計可以產(chǎn)生編碼所有氨基酸的密碼子，同時也能使終止密碼子出現(xiàn)的數(shù)目zui小。這樣的合成性V基因是以天然V基因為基礎(chǔ)的，但在其CDR區(qū)卻含有合成性元件。所構(gòu)建的CDR3可長可短，變化很大，這取決于擴增所用寡核苷酸的大小。

擴增和克隆天然V基因。

現(xiàn)在已發(fā)表了多套各自不同的引物，分別用來擴增來自人類和小鼠的全長天然V基因。總體上，引物套型的建立傾向于使之盡可能識別更多的不同V基因。然而，這也許并非上策，因為已發(fā)現(xiàn)在隨機挑出的克隆V基因與選擇的抗體V基因家族之間，存在差異。這也許是因為各種不同V基因家族，在噬菌體展示水平或其對大腸桿菌毒性大小方面有所不同。使用對選擇克隆中的V基因家族和成員有偏好的引物，也許是有利的。抗體文庫中V基因?qū)π〔糠衷诩毦斜磉_良好克隆的這種限制性，看來并不會影響選擇能力。