從天然V基因中制備噬菌體抗體文庫(kù)時(shí)，有多種不同B細(xì)胞（即V基因）來(lái)源可供選擇。一般而言，可在兩種V基因之間做出選擇：一種是未經(jīng)歷體細(xì)胞突變的V基因[天然的且一般是免疫球蛋白M（1gM）]，一種是發(fā)生過(guò)此突變的V基因[免疫的且一般是免疫球蛋白G（IgG）]。自IgM演變?yōu)镮gG過(guò)程中，存在著一個(gè)天然度的梯度變化。采用多樣性小于10‘天然文庫(kù)所做的早期試驗(yàn)結(jié)果提示：IgM來(lái)源的V基因優(yōu)于IgG來(lái)源的V基因。然而，用來(lái)自骨髓、外周血以及扁桃腺的未分部V基因組建了一個(gè)容量大很多的抗體文庫(kù)，從中分離到了針對(duì)許多抗原的抗體。對(duì)來(lái)自此文庫(kù)V基因進(jìn)行的分析顯示：大多數(shù)所選擇到的結(jié)合抗原的V基因含有多個(gè)突變體；這提示它們或來(lái)自IgG，或來(lái)自突變的IgM區(qū)。其他大容量天然文庫(kù)無(wú)一例外地使用IgM來(lái)源的V基因。

來(lái)源于外周血、脾臟、扁桃腺和骨髓的淋巴細(xì)胞都可用來(lái)構(gòu)建文庫(kù)。對(duì)它們的優(yōu)劣勢(shì)還沒(méi)有系統(tǒng)性地研究，盡管可以預(yù)期來(lái)自慢性感染的組織（扁桃腺）所含V基因可能高度偏向于感染性致病原。無(wú)論采用何種來(lái)源的淋巴細(xì)胞，流程基本上都是一致的。

無(wú)需制備多聚腺苷酸RNA（poly A RNA）來(lái)合成cDNA，總RNA效果就已很好。構(gòu)建免疫文庫(kù)應(yīng)使用以IgG為基礎(chǔ)的引物，而天然文庫(kù)的制備采用IgM引物。另外有一種方法是，先用隨機(jī)六聚體引物引導(dǎo)RNA，接著再用特異性3’端引物分離IgM或IgG特異性V基因。

cDNA合成后，用特異性引物可從cDNA中擴(kuò)增V區(qū)；這些引物可以識(shí)別重排V基因5’端和3’端相對(duì)保守的元件。