生物菌種是指食用菌菌絲體及其生長基質(zhì)組成的繁殖材料。菌種分為母種（一級種）、原種（二級種）和栽培種（三級種）三級。工業(yè)發(fā)酵的有用菌種，其篩選步驟包括菌種分離、初篩和復(fù)篩。

1、挑選具有某種能力的有用菌種，也稱種子制備，是指菌種在一定條件下，經(jīng)過擴大培養(yǎng)成為具有一定數(shù)量和質(zhì)量的純生產(chǎn)菌種的制備過程。以作接入發(fā)酵罐中進一步擴大菌體量及合成產(chǎn)物之用。

2、種子制備包括孢子制備和菌絲體制備菌種制備 ，其中(1)～(4)為孢子制備過程。

3、保存在沙土管或冷凍管中的生產(chǎn)菌種，用無菌手續(xù)挑取少許，接入瓊脂斜面培養(yǎng)基上，在25℃（或較高溫度）下培養(yǎng)5～7天（或較長時間。所得孢子還需進一步用較大表面積的固體培養(yǎng)基以獲得更多孢子（對于霉菌類孢子制備，多數(shù)采用大米、小米之類的天然培養(yǎng)基）。

4、將培養(yǎng)成熟的斜面孢子制成懸浮液，接種到扁瓶固體培養(yǎng)基上，于25～28℃培養(yǎng)14天。將成熟的扁瓶孢子于真空中抽干，使水分降至10%以下，并放入 4℃冰箱中備用。一次制得的孢子瓶可在生產(chǎn)上延續(xù)使用半年左右。

放線菌孢子的培養(yǎng)基大多是采用麩皮或豌豆浸出液及無機鹽與瓊脂制成的。將斜面孢子接入擴大的扁瓶孢子培養(yǎng)基中,于28～37℃培養(yǎng)5～14天。所獲得的大量孢子可直接作為種子罐(6)的種子。

5、如果有些生產(chǎn)菌種不產(chǎn)孢子，如赤霉素產(chǎn)生菌或產(chǎn)孢子不多的，則可采用搖瓶(5)液體培養(yǎng)制得菌絲體，作種子罐的種子。種子罐的目的是使接入有限的孢子或菌絲體迅速發(fā)芽、生長、繁殖成大量菌體。其中的培養(yǎng)基組分應(yīng)是易于被菌體利用的碳源（如葡萄糖）和氮源（如玉米漿），及無機鹽(如磷酸鹽)等。作為發(fā)酵罐(7)的種子應(yīng)生命力旺盛、染色深、菌絲粗壯，無雜菌及異常菌體。接種量一般在10%～20%。