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NEBNext 甲基化建庫酶學(xué)轉(zhuǎn)化法模塊

參   考   價(jià): ¥ 2249

訂  貨  量: ≥1 件

具體成交價(jià)以合同協(xié)議為準(zhǔn)

產(chǎn)品型號(hào):E7103

品       牌:

廠商性質(zhì):生產(chǎn)商

所  在  地:南京市

更新時(shí)間:2022-09-20 08:02:01瀏覽次數(shù):375

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雖然重亞硫酸鹽測(cè)序是研究 DNA 甲基化的金標(biāo)準(zhǔn),但這種轉(zhuǎn)化方式會(huì)對(duì)DNA 造成損傷,導(dǎo)致 DNA 斷裂、丟失和 GC 偏嗜。

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NEBNext 酶學(xué)轉(zhuǎn)化法甲基化建庫多樣本接頭引物(雙端檢索引物)

概述

雖然重亞硫酸鹽測(cè)序是研究 DNA 甲基化的金標(biāo)準(zhǔn),但這種轉(zhuǎn)化方式會(huì)對(duì)DNA 造成損傷,導(dǎo)致 DNA 斷裂、丟失和 GC 偏嗜。NEBNext 酶學(xué)轉(zhuǎn)化法甲基化建庫試劑盒 (EM-seq提供了一種酶學(xué)方法代替全基因組重亞硫酸鹽處理 DNA (WGBS) 的方法,并結(jié)合高效流程化的建庫步驟,適用于 Illumina 平臺(tái)測(cè)序。高效的 EM-Seq 酶促轉(zhuǎn)化可ZUIDA程度地減少對(duì)DNA的損傷,結(jié)合提供的 NEBNext Ultra II 文庫制備流程,最終產(chǎn)生的高質(zhì)量文庫可以從有限的測(cè)序數(shù)據(jù)中更靈敏的檢測(cè)到 5-mC 和 5-hmC。

優(yōu)勢(shì)

的 5-mC 和 5-hmC 檢測(cè)靈敏度

更高的比對(duì)率

更均一的 GC 覆蓋度

能從有限的測(cè)序數(shù)據(jù)檢測(cè)到更多的 CpG 位點(diǎn)

更均一的二核苷酸分布

更長(zhǎng)的文庫插入片段

更高效的建庫流程

提供轉(zhuǎn)化模塊

產(chǎn)品特點(diǎn)

 

EM-Seq 能得到更高的文庫產(chǎn)量。采用Covaris S2 儀器將 10 ng、50 ng 和 200 ng 不同起始量的人 NA12878 基因組 DNA 打斷至 300 bp,同時(shí)作為 EM-Seq 和 WGBS 建庫的起始樣本。對(duì)于 WGBS 方法,使用 NEBNext Ultra II DNA 進(jìn)行建庫,隨后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold 試劑盒進(jìn)行重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化。上述所有起始量,EM-Seq 都能使用更少的 PCR 循環(huán)得到更高的文庫產(chǎn)量,表明 EM-Seq 顯著減少了 WGBS 方法中的 DNA 損失。誤差條表示標(biāo)準(zhǔn)差。

NEBNext 酶學(xué)轉(zhuǎn)化法甲基化文庫可獲得更長(zhǎng)的插入片段 。采用Covaris® S2 器將 50 ng 人 NA12878 基因組 DNA 打斷至 300 bp,同時(shí)作為 EM-Seq 和 WGBS 建庫的起始樣本。對(duì)于 WGBS 方法,使用 NEBNext Ultra II DNA 進(jìn)行建庫,隨后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold 試劑盒進(jìn)行重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化。兩個(gè)文庫均使用 Illumina MiSeq (2 X 76 bases) 測(cè)序,片段大小采用 Picard 2.18.14 測(cè)定。圖中繪制了每個(gè)插入片段出現(xiàn)的頻率標(biāo)準(zhǔn)化后的數(shù)據(jù),結(jié)果如圖:EM-Seq 建庫后的插入片段比 WGBS 方法得到的插入片段更長(zhǎng),說明:酶學(xué)轉(zhuǎn)化法不會(huì)對(duì) DNA 造成損傷,而重亞硫酸鹽處理的 DNA 有嚴(yán)重?fù)p傷。

 

 

 

相較于 WGBSEM-Seq 在更低的測(cè)序深度情況下能檢測(cè)到更多的 CpG 位點(diǎn),并能實(shí)現(xiàn)更的 GC 均一覆蓋度。采用Covaris S2 儀器將 10 ng, 50 ng, 200 ng 不同起始量的人 NA12878 基因組 DNA 打斷至 300 bp,同時(shí)作為 EM-Seq 和 WGBS 建庫的起始樣本。對(duì)于 WGBS 方法,使用 NEBNext Ultra II DNA 進(jìn)行建庫,隨后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold 試劑盒進(jìn)行重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化。兩個(gè)文庫均使用 Illumina NovaSeq® 6000 (2 X 100 bases) 測(cè)序,使用 bwa-meth 0.2.2 將 測(cè)序數(shù)據(jù) 與 hg38 進(jìn)行比對(duì)。



A: CpG 位點(diǎn)檢測(cè):通過分析 3.24 億雙端數(shù)據(jù)得到 EM-Seq 和 WGBS 文庫的 CpG 位點(diǎn)覆蓋度,其中每條鏈都獨(dú)立計(jì)數(shù),最終得到最多 5600 萬個(gè)可能的 CpG 位點(diǎn)。結(jié)果顯示:EM-Seq 在更低測(cè)序深度能檢測(cè)到更多的 CpG 位點(diǎn)。

B: GC 覆蓋度:使用 Picard 2.17.2 計(jì)算 GC 覆蓋度,圖中顯示不同 GC 含量時(shí) (0-100%),標(biāo)準(zhǔn)化后覆蓋度的分布情況。結(jié)果顯示:EM-Seq 文庫顯著提高 GC 覆蓋度的均一性,無 AT 過度測(cè)序,也無 GC 測(cè)序不足,后兩項(xiàng)都是 WGBS 文庫的典型缺陷。

 

 

相較于 WGBS,EM-Seq 在更低的測(cè)序深度情況下能檢測(cè)到更多的 CpG 位點(diǎn)。采用 Covaris S2 儀器將 10 ng、50 ng 和 200 ng 不同起始量的人 NA12878 基因組 DNA 打斷至 300 bp,同時(shí)作為 EM-Seq 和 WGBS 建庫的起始樣本。對(duì)于 WGBS 方法,使用 NEBNext Ultra II DNA 進(jìn)行建庫,隨后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold 試劑盒進(jìn)行重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化。兩個(gè)文庫均使用 Illumina NovaSeq® 6000X 100 bases)測(cè)序,使用 bwa-meth 0.2.2 將測(cè)序數(shù)據(jù)與 hg38 進(jìn)行比對(duì)。通過分析 3.24 億雙端數(shù)據(jù)得到 EM-Seq 和 WGBS 文庫的 CpG 位點(diǎn)覆蓋度。



圖中顯示了 EM-Seq 和 WGBS 兩種方法在不同起始量,至少 1X 和 8X 測(cè)序深度下檢測(cè)到的DUYOU和共有的 CpG 位點(diǎn)。EM-Seq 在至少 1X 測(cè)序深度下比 WGBS 多檢測(cè)到 20% 以上的 CpG 位點(diǎn)。而在至少 8X 測(cè)序深度下,CpG 位點(diǎn)覆蓋度差異增加至 2 倍。


FS DNA 文庫制備試劑盒

NEBNext Ultra II DNA 文庫制

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使用 NEBNext Ultra II DNA P

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使用 NEBNext Ultra II DNA P

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