作為一種化學消毒劑，次氯酸鈉消毒液也有一些劣勢，在使用中需要注意和防護：
1.次氯酸鈉不宜長時間貯存。受光照、溫度等因素的影響，有效氯容易揮發(fā)。降低次氯酸鈉溶液的濃度，低溫和避光儲存，控制次氯酸鈉溶液的酸度及添加穩(wěn)定劑是提高次氯酸鈉水溶液穩(wěn)定性的有效途徑；隨著制備技術的發(fā)展，在一些水處理等需要大量次氯酸鈉的使用場所，也采用電解稀鹽水即產即用的方式生產次氯酸鈉。
2.使用次氯酸鈉消毒受水體PH值的影響。酸堿度對次氯酸鈉消毒液的穩(wěn)定性影響很大，在堿性條件下穩(wěn)定，酸性條件下不穩(wěn)定，酸性越強，有效氯分解越快，穩(wěn)定性越差。在PH7以上，消毒液很穩(wěn)定[9]，所以一般使用自來水配置和稀釋次氯酸鈉消毒液。
3.使用次氯酸鈉消毒要選用適宜的濃度，謹防走入“濃度越果越好”的誤區(qū)，因為高溫、高濃度可使次氯酸鈉消毒液中氯含量迅速衰減，影響消毒效果。
4.使用次氯酸鈉消毒，要清除物件表面上的有機物質，因為有機物可能消耗有效氯，降低消毒效果。在使用和稀釋次氯酸鈉消毒液時，水中的Ca+、Mg+等離子一般對次氯酸鈉溶液的作用沒有影響，但水的硬度應小于400mg/L。
5.次氯酸鈉有一定的刺激性與腐蝕性，特別是對金屬等有腐蝕作用，使用時要注意防腐安全，必須稀釋以后才能使用。次氯酸鈉消毒液具有漂白作用與腐蝕性作用，不要用于衣物的消毒，必須使用時濃度要低，浸泡的時間不要太長。
