細(xì)菌或許沒(méi)有大腦，但它們確實(shí)有記憶，至少在涉及攻擊它們的病毒時(shí)是如此。許多細(xì)菌都擁有一種分子免疫系統(tǒng)，使得這些微生物能夠捕獲和保留過(guò)去遭遇到的一些病毒DNA片段，以便當(dāng)其再度出現(xiàn)時(shí)可以識(shí)別和破壞它。 

來(lái)自洛克菲勒大學(xué)的一項(xiàng)研究在2月18日的《自然》（Nature）雜志上，提供了這一系統(tǒng)發(fā)揮作用在微生物基因組中編碼病毒DNA，將其日后用作為病毒切割酶的指南，這一神秘過(guò)程的一些新見(jiàn)解。 
細(xì)菌學(xué)實(shí)驗(yàn)室負(fù)責(zé)人、助理教授Luciano Marraffini說(shuō)：“像脊椎動(dòng)物一樣，微生物擁有能夠適應(yīng)新威脅的免疫系統(tǒng)。這些系統(tǒng)使用的一種酶Cas9，利用了免疫記憶來(lái)引導(dǎo)切割病毒遺傳密碼。然而，人們對(duì)于zui初獲得這些記憶的機(jī)制卻知之甚少。我們的研究表明，Cas9還操控了某些細(xì)菌中這些記憶的形成。"
這些記憶嵌入在能夠?qū)⒂幸婧陀泻Σ《咀R(shí)別開(kāi)來(lái)，稱作為CRISPR（規(guī)律成簇的間隔短回文重復(fù)）系統(tǒng)的細(xì)菌適應(yīng)性免疫系統(tǒng)中。它通過(guò)改變細(xì)菌基因組，將一些稱作為間隔序列（spacers）的短病毒序列添加到重復(fù)DNA序列之間來(lái)發(fā)揮作用。這些間隔序列形成了有關(guān)過(guò)去入侵物的一些記憶。它們充當(dāng)CRISPR相關(guān)基因編碼酶(Cas)的向?qū)?，使得Cas能夠找到并破壞試圖再次感染細(xì)菌的相同病毒。
Cas9能夠在病毒或其他的基因組中實(shí)現(xiàn)切割這一能力引起了研究人員的注意?，F(xiàn)在研究人員利用它來(lái)改變細(xì)胞的遺傳學(xué)以達(dá)到某些實(shí)驗(yàn)或治療目的，但對(duì)于這一CRISPR系統(tǒng)在天然細(xì)菌中發(fā)揮作用的機(jī)制仍不是很清楚（延伸閱讀：Cell：用CRISPR構(gòu)建衰老研究模型 ）。
一些證據(jù)表明，某些Cas酶（未包括Cas9）自身可以操控記憶形成過(guò)程?；贑as9識(shí)別切割位點(diǎn)的方式，包括共同*作者、研究生Robert Heler以及實(shí)驗(yàn)室博士后Poulami Samai在內(nèi)的研究人員猜測(cè)Cas9在記憶形成中也發(fā)揮了作用。
除了匹配CRISPR引導(dǎo)序列和病毒DNA，Cas9需要在附近尋找第二信號(hào)：病毒DNA中的前間區(qū)序列鄰近基序( protospacer adjacent motif，PAM)序列。這是一個(gè)至關(guān)重要的步驟，因?yàn)镻AM序列的存在阻止了Cas9攻擊細(xì)菌自身包含記憶的DNA。 
Heler 說(shuō)：“由于Cas9必須識(shí)別出PAM序列才會(huì)切割病毒DNA，在這一系統(tǒng)形成遭遇病毒的記憶時(shí)Cas9也就識(shí)別PAM序列對(duì)于我們來(lái)說(shuō)很有意義。這是Cas9的一個(gè)意料之外的全新作用。"
為了檢驗(yàn)他們的假說(shuō)，Heler交換了化膿鏈球菌和嗜熱鏈球菌免疫系統(tǒng)的Cas9酶，它們各自識(shí)別不同的PAM序列。結(jié)果，PAM序列跟隨著在兩種細(xì)菌之間發(fā)生了交換——表明在記憶形成中Cas9負(fù)責(zé)了PAM的識(shí)別。在另一個(gè)試驗(yàn)中，他改變了Cas9結(jié)合PAM序列的部分，發(fā)現(xiàn)這些微生物開(kāi)始隨機(jī)獲得靶病毒序列,這使得它們變得不可用。
與此同時(shí)，Samai調(diào)查了Cas9與其他3種Cas酶：Cas1、Cas2和Csn2之間的關(guān)系。作為相同CRISPR系統(tǒng)的組件，研究人員懷疑這些酶在沒(méi)有Cas9幫助的情況下在記憶形成中發(fā)揮了作用。
Samai讓這些酶共同表達(dá)，隨后標(biāo)記每一個(gè)酶，并嘗試提純它。但每一次其他三種酶也一同出現(xiàn)。“這表明4種酶之間存在某種互作；zui有可能的是它們?cè)谟洃洬@取過(guò)程中形成了復(fù)合物，"她說(shuō)。
“由于Cas9具有靶向和切割病毒基因組的功能，它對(duì)生物技術(shù)非常重要，已吸引了人們*的興趣。我們的研究工作揭示出了Cas9一個(gè)遭到忽視的作用：形成了使得細(xì)菌適應(yīng)性免疫成為可能的記憶，"Marraffini說(shuō)。