耐**（MRSA）也被稱作“超級(jí)細(xì)菌”，是醫(yī)院感染的主要致病菌之一。近日，來自英國(guó)、澳大利亞和泰國(guó)的研究人員利用基因組測(cè)序，成功理清了MRSA的復(fù)雜傳播模式。這項(xiàng)成果于12月9日在線發(fā)表于《Genome Research》上。
Wellcome Trust Sanger研究院等機(jī)構(gòu)的研究人員利用基因組測(cè)序評(píng)估了76個(gè)樣本，這些樣本來自泰國(guó)東北部一家醫(yī)院的無癥狀患者和員工，他們被確定為MRSA攜帶者。MRSA序列的系統(tǒng)發(fā)育分析表明，同一序列類型的至少五個(gè)分支在成人和兒科病房中同時(shí)傳播，而了解這些分離株為病原體的遺傳多樣性以及在個(gè)體之間的運(yùn)動(dòng)提供了線索。
過去，對(duì)于那些積極篩查或已采取感染控制措施的醫(yī)院，研究人員借助全基因組測(cè)序來了解MRSA的關(guān)系和傳播模式。然而，對(duì)于那些無法獲得足夠的財(cái)政資源或感染控制資源的醫(yī)院，即MRSA傳播很普遍的環(huán)境，人們還不太清楚細(xì)菌如何傳播。
文章的通訊作者，Sanger研究院的Sharon Peacock指出：“了解MRSA如何在這些環(huán)境中傳播很重要，它不僅突出了問題，也為干預(yù)這種病原體指明了方向。這項(xiàng)研究是為了確定這些醫(yī)院中MRSA的系統(tǒng)發(fā)育和傳播動(dòng)力學(xué)。”
在2008年的三個(gè)月中，研究人員從重癥監(jiān)護(hù)室的169名成人患者、兒科ICU的98名兒童以及兩個(gè)病房的30多名護(hù)士中收集了*和指尖培養(yǎng)物樣本。16%的ICU患者和1/3的兒童患者被檢測(cè)出MRSA陽性。此外，ICU的1名護(hù)士和兒科ICU的4名護(hù)士呈MRSA陽性。
之后，研究小組對(duì)這46名患者和5名員工的76個(gè)MRSA分離株進(jìn)行基因組測(cè)序。它們都屬于*ST 239序列類型，不能通過基因分型分析準(zhǔn)確區(qū)分。將產(chǎn)生的序列與ST 239參考基因組比對(duì)之后，研究人員鑒定出超過1,500個(gè)SNP，隨后用于系統(tǒng)發(fā)育樹的建立。
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通過查看這些變異聚集的方式，研究人員確定了至少五個(gè)MRSA分支，包括在醫(yī)院內(nèi)傳播的67個(gè)分離株。三個(gè)分支的分離株主要在成人ICU的患者和員工上檢測(cè)到，而另外兩個(gè)則通常出現(xiàn)在兒科病房。不過，每個(gè)病房中仍有一名員工不能*歸到這五個(gè)分支，但與2006或2007年鑒定出的分離株類似，暗示她們可能在其他醫(yī)療保健機(jī)構(gòu)染上MRSA。
利用基因組序列，研究小組追蹤了病房?jī)?nèi)以及病房之間的傳播模式，以及分離株存在的遺傳多樣性。后者包括是否存在質(zhì)粒，包含與抗生素和/或抗菌素耐藥性相關(guān)的基因
“序列數(shù)據(jù)帶來的驚人結(jié)果是存在多個(gè)不同的分支，這表明一些不同的MRSA變異體同時(shí)在醫(yī)院中傳播，”Peacock談道。“我們還確認(rèn)了患者進(jìn)入ICU之后的傳播事件，并在每個(gè)病房中發(fā)現(xiàn)一位‘超級(jí)傳播者’。