生物通報道：來自北京蛋白質(zhì)組研究中心，北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院等處的研究人員發(fā)表了題為“Proteome-wide prediction of self-interacting proteins based on multiple properties”的文章，研發(fā)出了一種在線分析工具SLIPPER （SeLf-Interacting Protein PrEdictoR） ，利用這一工具，研究人員可以從整體水平上理解自相互作用蛋白在細(xì)胞功能中的角色。相關(guān)成果公布在MOLECULAR ＆ CELLULAR PROTEOMICS雜志上。
文章的通訊作者是北京蛋白質(zhì)組研究中心的賀福初院士，賀福初院士主要從事基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)與生物信息學(xué)研究，曾獲得了多項重要研究成果，如倡導(dǎo)并了人類*個組織、器官的“肝臟蛋白質(zhì)組計劃”，這也是中國*次領(lǐng)導(dǎo)大型合作計劃。
所謂自相互作用蛋白（Self-interacting proteins）是指自身兩個或者兩個以上拷貝能夠發(fā)生相互作用的蛋白，這種蛋白在細(xì)胞功能和蛋白相互作用PINs進(jìn)化方面扮演了重要的角色。
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了解是否一個蛋白能夠發(fā)生自相互作用，將有助于揭示其功能，并且有時對于揭示其功能，可以起到非常關(guān)鍵的作用。之前分析這種蛋白的研究主要聚焦于某些自相互作用蛋白的結(jié)構(gòu)和功能，但是對于其整體屬性了解得并不多。而且目前zui常見的兩種高通量蛋白相互作用檢測技術(shù)并無法準(zhǔn)確檢測蛋白自相互作用，相關(guān)的生物信息學(xué)預(yù)測方法更是十分缺乏。
為此，在這篇文章中，賀福初院士開發(fā)出了一種在線分析工具SLIPPER （SeLf-Interacting Protein PrEdictoR） ，利用這一工具，研究人員可以從整體水平上理解自相互作用蛋白在細(xì)胞功能中的角色。
這一工具是在此前PRINCESS蛋白作用數(shù)據(jù)分析基礎(chǔ)上發(fā)展起來的，研究人員從整體的角度通過系統(tǒng)地分析并預(yù)測自相互作用的蛋白，首先他們發(fā)現(xiàn)自相互作用的蛋白，在結(jié)構(gòu)上與其它蛋白相比，包含更多的結(jié)構(gòu)域。在進(jìn)化方面也更傾向于保守和古老，在功能方面，則包含更多的酶基因，管家基因和藥物靶標(biāo)，在拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)上更是在PINs中占據(jù)了重要地位。
根據(jù)這些特點，研究人員利用邏輯回歸分析方法，研發(fā)出了一種全蛋白質(zhì)組學(xué)范圍的預(yù)測模型。并通過了五倍交叉驗證和一個獨立驗證實驗，證明了這一模型的有效性。由此研發(fā)出*自相互作用蛋白預(yù)測模型，并將其發(fā)展成為一個用戶友好的在線分析工具。
利用這一工具，研究人員能更好的了解自我相互作用蛋白，并且這一模型也將能用于自相互作用蛋白高通量研究，以及為解析其功能提供更多的線索。
