生物遺傳中心法則于1958年由克里克提出,然而半個(gè)世紀(jì)以來(lái),這一過(guò)程的定量傳遞關(guān)系一直困擾著科學(xué)界,近日暨南大學(xué)功能蛋白質(zhì)研究廣東普通高校重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室張弓研究員、王通研究員和何慶瑜教授在新研究中建立定量的中心法則,將之前只能定性描述的“中心法則”*次定量化,相關(guān)論文發(fā)表在2013年3月21日的《核酸研究》(Nucleic Acids Research)上。
生物學(xué)基本理論之一的“中心法則”于1958年被提出,定性地說(shuō)明了mRNA通過(guò)翻譯過(guò)程生成蛋白質(zhì),但隨后55年,這一過(guò)程的定量傳遞關(guān)系卻一直困擾著科學(xué)界。數(shù)十年來(lái)的研究表明,不同物種中的mRNA豐度和蛋白質(zhì)豐度普遍相關(guān)性較低,R2在0.01-0.50之間。由于某些mRNA分子并不被翻譯,早在2001年,Pradet-Balade等人就提出假說(shuō):翻譯中的mRNA(也就是核糖體-新生肽鏈復(fù)合物中的mRNA,RNC-mRNA)的豐度應(yīng)該更能反映蛋白質(zhì)的豐度。然而,隨后有限的研究表明,這種二元相關(guān)性仍然較低,R2在0.4以下。因此,從mRNA到蛋白質(zhì)的定量傳遞關(guān)系一直是中心法則沒(méi)有解決的科學(xué)問(wèn)題。
張弓、王通和何慶瑜課題組利用穩(wěn)態(tài)人類(lèi)細(xì)胞進(jìn)行了相對(duì)定量研究,在RNC-mRNA和蛋白質(zhì)相對(duì)豐度之間加入mRNA的長(zhǎng)度作為獨(dú)立的因素,發(fā)現(xiàn)RNC-mRNA和蛋白質(zhì)相對(duì)豐度與mRNA的長(zhǎng)度之間存在顯著的三元對(duì)數(shù)線(xiàn)性相關(guān)定量關(guān)系,R2在0.94以上,亦即超過(guò)94%的蛋白質(zhì)的相對(duì)豐度可以通過(guò)其翻譯中RNC-mRNA的相對(duì)量和mRNA長(zhǎng)度計(jì)算獲得。這一結(jié)果使中心法則中的定量關(guān)系難題在相對(duì)定量模型中得到初步解決。
同時(shí),該研究提出了翻譯比率的新概念(translation ratio, TR),即能夠進(jìn)入翻譯的mRNA比例,可由RNC-mRNA與總mRNA的比值獲得,主要表征著翻譯起始的效率。本研究發(fā)現(xiàn),癌癥細(xì)胞中各種mRNA的TR普遍比正常細(xì)胞上調(diào),而且長(zhǎng)度越短的基因具越高的TR,表明更容易被翻譯。同時(shí),具顯著TR改變的基因與肺癌的惡性表型密切相關(guān)。
該研究在理論上提出中心法則的系統(tǒng)生物學(xué)相對(duì)定量規(guī)律,報(bào)道了通過(guò)RNC-mRNA預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)相對(duì)豐度變化的新策略,這表明,人類(lèi)穩(wěn)態(tài)細(xì)胞所表達(dá)的12000多種蛋白質(zhì)中的絕大部分相對(duì)量可通過(guò)該研究提出的三元模型計(jì)算獲得,實(shí)現(xiàn)了用核酸大規(guī)模測(cè)序技術(shù)來(lái)研究蛋白質(zhì)組相對(duì)定量信息的目標(biāo)。同時(shí),TR及其生物學(xué)意義的提出,為癌癥細(xì)胞表型研究、分子機(jī)制研究和新治療策略提供了全新的研究方向。
目前該課題組正在利用定量模型對(duì)該理論進(jìn)行更深入的探究,成果將在近期內(nèi)發(fā)表。