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測序常見問題分析

時間:2016/3/30閱讀:840
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1.如何測定引物的OD值? 
用紫外分光光度計在260nm波長測定溶液的吸光度來定量,請注意紫外分光光度計的使用,測定時溶液的吸光度稀釋到0.2-0.8之間(吸光度太高或太低會有較大的誤差)。DNA干粉用一定體積的水充分振蕩溶解以后,取部分溶液稀釋到1ml并在1ml標準比色皿中測定其吸光度,即為所測體積的OD值,進而可以計算出母液的OD值。 
舉例:您拿到一管干粉的DNA,用1ml水溶解成母液,取該母液50μL稀釋成1ml并在1ml標準比色杯中測定的吸光度為0.25,說明該50μL中含有0.25OD的DNA,也即說明原來1ml母液中含有5OD的DNA。 

2.怎樣溶解引物? 
我們的的合成報告單給出了每OD引物稀釋為100μmoL/L(即100pmol/ul)濃度的加水量,您可以根椐您的實驗需要加入適量的無核酸酶的雙蒸水(PH>6.0)或TE緩沖液(PH 7.5-8.0),開啟瓶蓋溶解之前在3000-4000轉(zhuǎn)/分鐘 的轉(zhuǎn)速下離心1分鐘,防止開蓋時引物散失。 

3.合成的引物應如何保存?
沒有溶解的引物非常穩(wěn)定,可以在-20℃下保存至少1年,溶解好的引物可以事先稀釋為100μmoL/L的儲存液,分裝數(shù)份保存于-20℃冰箱,可以保存至少半年以上(反復多次凍融會降低使用壽命)。使用前,將濃溶液稀釋成工作液(10 pmol/ml或20 pmol/ml)后進行實驗。 

4.如何檢測引物的純度? 
實驗室方便的作法是用PAGE方法。使用加有7M尿素的一定濃度的聚丙烯酰胺凝膠進行電泳,<12個堿基的引物用20%的膠,12-60個堿基的引物用16%的膠,>60個堿基的引物用12%的膠,取0.2OD左右的引物,用尿素飽和液溶解或引物溶液中加入尿素干粉直到飽和,上樣前加熱變性(95oC,2mins)。加入尿素的目的一是變性,二是增加樣品比重,容易加樣。600V電壓進行電泳,一定時間后(約2-3小時),剝膠,用熒光TLC板在紫外燈下檢測帶型,在主帶之下沒有雜帶,說明純度是好的(有時由于變性不充分,主帶之上可能會有條帶,乃是引物二級結構條帶)。 

5.一般的合成的引物在5"和3"末端有磷酸基團嗎?
沒有,5"和3"末端均為-OH基。如需要加磷酸基團,訂貨時請?zhí)貏e注明,此時需收取磷酸化的費用。 

6.合成的引物進行pcr反應時無目的帶,怎么辦?
PCR反應失敗的原因很多,可以從以下幾個方面考慮。 
1) 引物和模板是否配對,同源性有多大?
2) 引物本身是否有立體結構.
3) PCR反應用試劑是否能正常工作?
4) PCR儀是否工作正常?
5) PCR反應條件是否合適?
如果一切正常,還無法解決問題時,我們可以免費重新合成引物。 

7.測定了引物的OD值后發(fā)現(xiàn)A260/A280<1.8,引物的純度合格嗎?
由于核酸在260nm附近有強吸收,而蛋白質(zhì)在280nm附近有強吸收,從生物體內(nèi)提取核酸時,常用A260/A280比值來評價核酸純度(比值在1.8~2.0之間),這一判斷是基于序列中A、G、C、T所占比例大致相同時的結果。而合成的DNA/RNA則不同,序列很短 (通常在20~30個堿基之間),其中A、G、C、T各種堿基所占比例很不相同,由于各種堿基的摩爾消光系數(shù)不同,因此不同堿基構成的引物的A260/A280比值也不同, 例如當序列中C、T堿基的含量高時,該比值會大大低于1.8。所以不能用A260/A280的比值來判斷引物的純度.

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