這種方法適用于對(duì)不宜加熱的液體和溶液的滅菌。過濾除菌的成分可以采用無菌操作加入到其他已經(jīng)加熱滅菌的成分中。過濾除菌還可用于過濾需要濾菌的空氣，例如發(fā)酵用的無菌空氣,盡管這種方法很難*過濾空氣中的噬菌體。膜濾器在過濾除菌時(shí)使用zui廣泛。
  膜濾器通常是由的多孔醋酸纖維素膜組成，因其孔隙率不同有廣泛的用途。與深度的過濾器相比，膜濾器是將比一定孔徑大的粒子留在其表間，因?yàn)槟ど?/span>zui大的孔徑要
比zui小的殘留粒子小。截留的粒子只與膜孔徑的大小有關(guān)而不受靜電吸引或吸附作用的
影響，所以生產(chǎn)廠給定的濾膜孔徑是影響過濾的惟一因素。膜孔徑的大小可以在一定范
圍內(nèi)有所變化，但生產(chǎn)廠必須提供準(zhǔn)確的誤差范圍。例如，過濾細(xì)菌zui常用的濾膜孔徑為〔0.22 ±0.02)μm，這種濾膜可以用在具有較高相對(duì)壓差的正壓濾菌器中，在短時(shí)間內(nèi)完成過濾，而且不影響滅菌的效果。

盡管不同的濾膜生產(chǎn)廠家生產(chǎn)了各種不同級(jí)別的小孔濾膜，但對(duì)于細(xì)菌培養(yǎng)基等的
滅菌，所有過程的zui后一步都應(yīng)用孔徑為0.22μm的濾膜除菌。用于細(xì)菌計(jì)數(shù)分離以及真菌學(xué)樣品分析的0.45μm的濾膜不能夠滿足細(xì)菌學(xué)無菌的要求。

過濾可分為負(fù)壓過濾(如抽濾)和正壓過濾。在樣品的微生物分析中，經(jīng)常會(huì)用到負(fù)
壓過濾法。但培養(yǎng)基、糖溶液、血清等的過濾除菌，采用正壓方式，主要有以下兩個(gè)原因：一是采用負(fù)壓濾菌需要一個(gè)帶側(cè)嘴的接收容器（如濾瓶），用以安裝吸管或者使用過濾附件。對(duì)于前者來說滅菌的液體要采用無菌操作再次轉(zhuǎn)移到zui后的滅菌容器中，支路的濾器附件可使濾液直接濾入zui后的滅菌荇器中，伹必須采取足夠的保護(hù)措施防止從真空裝盤倒吸的水、油和非無菌空氣，或由于容器密封不嚴(yán)造成的非無菌空氣的逬人。其中zui后一點(diǎn)很難做到。采用負(fù)壓的第二個(gè)缺點(diǎn)朵zui大壓差是一個(gè)大氣壓(不可能達(dá)到)而采用正壓濾菌時(shí)，可使用更高的壓力，從而使過濾速度更快。

正壓濾菌的膜濾器裝置有著十分廣泛的用途。在許多細(xì)菌學(xué)和真菌學(xué)分析實(shí)驗(yàn)室，
濾膜過濾被用于對(duì)碳水化合物溶液、乙醇溶液、酵母抽提液溶液和血清等溶液的滅菌，這些溶液需要量都較小，每批zui多用100ml在小型微生物分析實(shí)驗(yàn)室，一種zui常用的過濾裝置是可以使用直徑為13mm、25mm、47ml三種型號(hào)濾菌膜的Swinnex過濾架（Milli-pore濾器公司生產(chǎn)）:這種支架能連接具有Luer氏注射器接頭的注射器。它能過濾1ml,10ml,100ml貴重的培養(yǎng)基添加液和稀有培養(yǎng)基而不造成任何浪費(fèi)。它對(duì)生產(chǎn)線的培養(yǎng)基和空氣的過濾滅菌(如在發(fā)酵過程中過濾滅菌)也十分有效。

碳水化合物(多糖除外)溶液、乙醇、鹽溶液、維生素溶液和水在過濾前全部用有或沒有〔有〗一次性玻璃纖維的預(yù)過濾墊過濾。含蛋白的培養(yǎng)基和一些其他液體在采用玻璃纖維預(yù)過濾后再用雙層膜過濾十分容易，zui后的過濾程度取決于預(yù)過濾的程度[如MilliporeDA的孔徑為(0.65±0.03)μm]。血清和原生質(zhì)等液體可以采用逐步減小的濾膜孔徑進(jìn)行過濾。例如先用玻璃纖維預(yù)過濾，然后再分別采用孔徑為12μm、0.65μm、0.45μm的濾膜過濾，zui后使用孔徑為0.22μm的濾膜過濾。濾膜非常薄，所以可以將所需孔徑的濾膜同時(shí)放到濾膜架上。在兩張濾膜之間放人滌綸網(wǎng)，這樣可以提高流動(dòng)速率。使用前，將濾膜和濾膜架一起在高壓鍋中滅菌。