肽的溶解性
根據經驗，溶解肽是一個很重要的環(huán)節(jié)。如果溶解不當可能導致肽損失或者實驗失敗。肽的溶解性主要取決于肽的序列，所以，如果實驗允許，肽序列中至少應包含20%的帶電殘基以增加其溶解度。
 
在使用之前，客戶可以遵循以下三個基本原則來選擇合適的溶劑溶解多肽。首先，所選溶劑一定能充分溶解多肽。其次，所選溶劑能與實驗條件兼容，zui后，所選溶劑不能與肽反應，也不能使肽降解。只要肽的量允許，可以先用少部分肽溶解，然后再將全部樣品溶解。如果需要從溶劑中回收肽,可以選擇一種初始溶劑使其在凍干后容易去除。
 
以下建議或許對您溶解肽有所幫助：
1.    少于5個氨基酸的肽一般溶于水溶液，強疏水的氨基酸（W，I，L，F，M，V，Y）除外。
2.    如果帶電氨基酸平均分布于全部序列中，那么含有＞25%帶電氨基酸（E，D，K，R，H）的親水肽和含有＜25%疏水氨基酸的肽一般都能溶于水溶液。多肽的純化系統(tǒng)一般為0.1%TFA/水和0.1%TFA/CAN。因此，如果肽溶解在沒有緩沖能力或者緩沖能力很弱的緩沖液中，結果可能導致肽溶液呈酸性。在使用別的方法溶解肽時務必使溶劑的pH值近乎中性。酸性肽（E+D殘基數多于K+R+H殘基數）和堿性肽（K+R+H殘基數多于E+D殘基數）在中性pH值條件下比在酸性pH值下更易于溶解。
3.    疏水氨基酸含量為50%～75%的肽，即使序列中含有25%帶電氨基酸也有可能不溶于水或者部分溶解。先把肽溶于zui少量的強溶劑（如：DMF，ACN，異丙醇，乙醇，乙酸，4-8M GdnHCl或尿素，DMSO（序列中沒有C，W，M時），及其它類似的有機溶劑，將溶解肽的有機溶劑緩慢地逐滴加入水溶液中。如果溶液變渾濁，可能是達到了溶解極限，繼續(xù)溶解就沒什么用了。需要注意的是，zui開始選擇的溶劑應該與實驗系統(tǒng)兼容。
4.    疏水氨基酸含量＞75%的強疏水肽一般也不溶于水溶液。此類肽也應該先用強溶劑（如：TFA，甲酸）溶解，如果將其加入到水溶液中也可能產生沉淀。zui后的肽溶液可能需要高濃度的有機溶劑使之變性，而有機溶劑一般不用于活細胞的生物功能研究。
5.    S，T，E，D，K，R，H，N，Q，Y含量高（＞75%）的多肽序列容易形成多余的分子間氫鍵網絡，在濃的水溶液中容易形成凝膠。此類肽可以用步驟3所述方法溶解。
 
為了減少溶解中可能出現的問題，建議從設計上和序列上多考慮，以改善肽的溶解度。
 
肽的溶解方法
用哪種溶劑溶解合成肽一直是困擾多肽工作者的一個難題。根據不同的氨基酸序列，可以參考以下方法來溶解合成肽。是先將少量肽用水溶液溶解，不要一次將全部樣品都溶解掉。
1.    將酸性氨基酸Asp （D），Glu （E）和C端-COOH.的值定為-1。
2.    而將堿性氨基酸Arg （R），Lys （K），His （H）的值定為+1。
3.    計算肽中全部電荷量。
4.    如果肽的全部電荷為正值，則肽呈堿性,可以先用水溶解。如果肽不溶于水，可以用10%乙酸或者更高濃度的乙酸溶解。如果肽一點都不溶，加入TFA（<50 ul）助溶,并用去離子水稀釋至1ml。
5.    如果肽的全部電荷為負值，則肽呈酸性，可以先用水溶解。如果肽不溶于水，，加入NH4OH（<50 ul） 助溶，并用去離子水稀釋至1 ml。
6.    如果肽的全部電荷為0，則肽呈中性。中性肽需要用乙腈、甲醇、異丙醇等有機溶劑來溶解，也可以加入變性劑（如：尿素、鹽酸胍等）。
實例：
KRLMKSIEVIMPL: （+3） + （-2） = +1。此條肽呈堿性。見以上步驟4。
LVKMKSIEDPDCE: （+2） + （-5） = -3。此條肽呈酸性。見以上步驟5。
MVSRKDLVEHRDM: （+4） + （-4） = 0。此條肽呈中性。見以上步驟6。