癌癥治療的目的在于尋找合適的藥物，用于合適病患的合適靶標(biāo)上，但是要想研發(fā)出這樣的“個(gè)性化”藥物，首先還必須了解關(guān)于癌癥，以及其對(duì)潛在治療藥物的敏感性，更詳細(xì)的內(nèi)容。

來自哈佛大學(xué)麻省理工Broad研究院，諾華生物醫(yī)學(xué)研究所等處的研究人員發(fā)表了題為“The Cancer Cell Line Encyclopedia enables predictive modelling of anticancer drug sensitivity”的文章，公布了*全新，可免費(fèi)獲取的，關(guān)于詳細(xì)癌癥基因組數(shù)據(jù)（包括對(duì)藥物應(yīng)答的預(yù)測(cè)）的公共資源，這一由學(xué)術(shù)產(chǎn)業(yè)共同完成的成果公布在3月29日Nature雜志上。
上篇： Nature封面：首卷癌細(xì)胞系百科全書CCLE的預(yù)測(cè)
發(fā)表Science文章，*Sanger miRNA 18.0版，聯(lián)川微陣列檢測(cè)服務(wù)，免費(fèi)索要資料>> >>

利用來自CCLE的詳細(xì)資源，研究人員也許就能更加清楚的了解哪種腫瘤zui有可能對(duì)某種特殊藥物作出應(yīng)答——在進(jìn)行臨床實(shí)驗(yàn)之前。因此病患可以分析其癌癥遺傳和分子特征，選取zui有可能奏效的治療方案。
“很早就能知道這些信息，也許有助于提高藥物研發(fā)的成功率，相比于包括并不了解遺傳特征的晚期癌癥病人的，遺傳上‘無關(guān)’的方法”，Garraway說。

研究人員在其它癌細(xì)胞中也發(fā)現(xiàn)了對(duì)現(xiàn)有化療藥物敏感的新預(yù)測(cè)，提高SLFN11表達(dá)水平能預(yù)測(cè)對(duì)于拓?fù)洚悩?gòu)酶抑制劑的敏感性，另外一個(gè)分析表明多發(fā)性骨髓瘤，也許會(huì)對(duì)IGF1受體抑制劑作出反應(yīng)。這些還需要正式的臨床實(shí)驗(yàn)，才能了解是否這些特征在病患體內(nèi)確實(shí)存在。
“我們可以不僅可以提出關(guān)于新出現(xiàn)靶向治療的問題，而且還可以對(duì)標(biāo)準(zhǔn)的化療藥物提出疑問”，Garraway說，“這也許就能找到那些對(duì)傳統(tǒng)化療更能作出應(yīng)答的新方式。這種預(yù)測(cè)的‘無應(yīng)答’也許有助于嘗試不同治療方案。”

“從計(jì)算生物學(xué)角度來說，這是一個(gè)可以進(jìn)行更多分析的清晰復(fù)雜的數(shù)據(jù)集”，Stransky說，“我們還只是進(jìn)行了冰山一角的研究。”
下一步，CCLE將基于更深入測(cè)序，代謝活性特征，以及表觀遺傳學(xué)修飾進(jìn)行深入分析，“這確實(shí)只是冰山一角”，Garraway說，“利用這些預(yù)測(cè)模型運(yùn)算法則，以及目前這一規(guī)模的數(shù)據(jù)集，這項(xiàng)研究將自成一體。”

其它百科全書
除了這一百科全書，目前已經(jīng)公布的還有細(xì)菌百科全書，抗體百科全書等，比如在modENCODE這一計(jì)劃中，消息就是2010年來自耶魯大學(xué)等處的研究人員對(duì)兩種重要的模式動(dòng)物：秀麗隱桿線蟲（Caenorhabditis elegans）和黑腹果蠅（Drosophila melanogaster）進(jìn)行了系統(tǒng)分析，從而獲得了詳細(xì)的相應(yīng)基因表達(dá)的數(shù)據(jù)。

2003年美國啟動(dòng)了ENCODE計(jì)劃（ENCyclopedia Of DNA Elements），主要目的是建立人類基因組中生物功能關(guān)鍵性元素目錄。2007年美國國家人類基因組研究協(xié)會(huì)（NHGRI）又撥款5千7百萬美元，資助建立在ENCODE計(jì)劃基礎(chǔ)上的modENCODE計(jì)劃，即model organism ENCODE （modENCODE） Project——模式動(dòng)物“生命百科全書”項(xiàng)目。
這項(xiàng)研究中，研究人員對(duì)線蟲和果蠅轉(zhuǎn)錄模式，以及基因表達(dá)等方面進(jìn)行了分析和數(shù)據(jù)收集，由于這兩種重要的模式動(dòng)物擁有許多與人類相似的基因組，因此這一研究意義重大，有助于了解人類生理機(jī)能，及疾病發(fā)生等方面。

研究人員首先收集了在線蟲整個(gè)發(fā)育過程中，基因組中237個(gè)與該生物基因結(jié)構(gòu)、RNA表達(dá)及染色質(zhì)調(diào)節(jié)等有關(guān)的數(shù)據(jù)。然后對(duì)那些數(shù)據(jù)進(jìn)行了分析，從而獲得了一個(gè)更為完整和描述個(gè)體基因以及它們的轉(zhuǎn)錄和表達(dá)的模型。
 

同時(shí)，這一研究也分析了超過700個(gè)的有關(guān)果蠅基因表達(dá)的詳細(xì)情況的數(shù)據(jù)庫。研究人員分析了這些果蠅基因組的機(jī)體與功能之間的。研究人員表示，這一研究結(jié)果有助于人們更為的預(yù)測(cè)基因功能、組織和發(fā)育階段調(diào)節(jié)因子及基因表達(dá)水平。
除此之外，來自美國能源部聯(lián)合基因組研究所等處的研究人員采用了與之前細(xì)菌和古細(xì)菌基因組測(cè)序不同的選擇方法，對(duì)56個(gè)可培育物種基因組序列進(jìn)行測(cè)序和分析，這將提供系統(tǒng)發(fā)育、蛋白功能和基因組注解等方面的信息。

這項(xiàng)屬于細(xì)菌百科全書的成果獲得了近1000個(gè)完整細(xì)菌和古細(xì)菌的基因組，其中大部分是以這些細(xì)菌和古細(xì)菌的生理為依據(jù)來測(cè)序基因組的。但這就造成了一個(gè)后果：目前可以獲得的基因組受限于系統(tǒng)發(fā)育樹。
他們主要采用的方法包括，通過SSU rRNA的系統(tǒng)發(fā)育樹識(shí)別目前未知的主要分支基因組（DSMZ或ATCC培養(yǎng)物中可分離獲得），從這些分支中篩選分離物進(jìn)行培養(yǎng)，純化DNA，定性檢測(cè)。然后利用Sanger/ABI, Roche/454 以及Illumina/Solexa的技術(shù)進(jìn)行鳥槍法測(cè)序，采用不同的組裝方法解析獲得的數(shù)據(jù)，并通過進(jìn)一步的分析確定基因組序列。

另外國內(nèi)科學(xué)家參與了各類百科全書計(jì)劃中，比如2010年來自國內(nèi)20多家科研機(jī)構(gòu)的科技工作者在深圳宣布，中國科學(xué)家將共同發(fā)起“萬種微生物基因組計(jì)劃”，預(yù)計(jì)在3年內(nèi)完成1萬種微生物物種全基因組序列圖譜的構(gòu)建，并以此為核心開展一系列基因組水平上的探索和研究。

來源：生物通