一是為了潤濕和活化固相萃取填料，二是為了除去填料中可能存在的雜質(zhì)，減少污染。
采取的方法是用一定量溶劑沖洗萃取柱。
方法:
反相類型的固相萃取硅膠和非極性吸附劑介質(zhì)，通常用水溶性有機溶劑如甲醇預(yù)處理，然后用水或緩沖溶液替換滯留在柱中的甲醇。正相類型的固相萃取硅膠和極性吸附劑介質(zhì)，通常用樣品所在的有機溶劑來預(yù)處理。
離子交換填料一般用3~5mL去離子水或低濃度的離子緩沖溶液來預(yù)處理。
注意事項:固相萃取填料從預(yù)處理到樣品加人都應(yīng)保持濕潤，如果在樣品加人之前，萃取柱中的填料干了，需要重復(fù)預(yù)處理過程。
 
由于許多化合物同時具有多種官能團，在選擇固相萃取機理時，應(yīng)該根據(jù)目標(biāo)化合物及干擾物的性質(zhì)來考慮采用哪種萃取機理較為有利。如：2-萘胺是一個弱堿性化合物（pKa=4.16），在一定的pH條件下還可以呈陽離子狀態(tài)，同時該化合物具有疏水的非極性官能團及親水的極性官能團。這時，就應(yīng)該根據(jù)樣品基質(zhì)的具體情況來選擇有利于將目標(biāo)化合物與干擾物分離的萃取機理。如果樣品基質(zhì)中同時含有大量的非極性干擾雜質(zhì)，就應(yīng)該避免采用非極性的萃取機理，而將樣品的pH調(diào)節(jié)到低于其pKa兩個pH單位，即pH=2.16，并采用陽離子交換機理。反之，如果樣品中同時含有大量的陽離子干擾雜質(zhì)，則應(yīng)該調(diào)節(jié)樣品的pH至6.16（高于pKa兩個單位），采用非極性萃取機理較為有利。