染色質免疫沉淀法（Chromatin immunoprecitation，ChIP）是研究體內(nèi)DNA與蛋白質相互作用的重要工具。它可以靈敏地檢測目標蛋白與特異DNA片段的結合情況，還可以用來研究組蛋白與基因表達的關系。核小體組蛋白可以發(fā)生多種翻譯后的共價修飾，如乙?；?、甲基化、磷酸化、泛素化等，這些共價修飾與真核基因的表達密切相關。根據(jù)“組蛋白密碼”假說，組蛋白的各種共價修飾的組合會以協(xié)同或拮抗的方式誘導特異的下游生物學功能，因此，ChIP也為研究組蛋白修飾在基因表達中的作用，全面闡明真核基因的表達調(diào)控機制提供了強有力的研究工具。

該技術主要應用于：
  1.組蛋白修飾酶的抗體作為“生物標記”
  2.轉錄調(diào)控分析
  3.藥物開發(fā)研究
  4.有絲分裂研究
  5.DNA損失與凋亡分析

   真核生物細胞狀態(tài)是由內(nèi)源和外源因素共同影響的，所有信號傳遞途徑的終點都是DNA。DNA通過核蛋白復合物組成染色質，染色質是基因調(diào)控的一個重要作用位點。轉錄激活因子和輔助抑制因子的研究顯示存在一種新的調(diào)節(jié)機制--“組蛋白密碼”，其信息存在于組蛋白的轉錄后修飾等過程中。該類修飾包括組蛋白磷酸化、乙?；⒓谆?、ADP-核糖基化等過程。隨著越來越多組蛋白核心結構區(qū)域和羧端修飾的確定，組蛋白密碼在控制和調(diào)節(jié)基因功能過程中的作用越來越明確。參與修飾的酶根據(jù)其作用的不同而分類：如*乙酰轉移酶（HATs）可以將乙?；鶊F轉到組蛋白上；組蛋白去乙酰酶（HDACs）可以去除氨基酸上的乙?；鶊F；組蛋白甲基轉移酶（HMTs）可以將甲基基團轉移到組蛋白上等不同*修飾標記對應于不同的生物學過程，它可以作為調(diào)節(jié)因子的作用位點，也可以用來改變?nèi)旧|結構。

   原理：染色質免疫沉淀分析（ChiP）是基于體內(nèi)分析發(fā)展起來的方法，它的基本原理是在活細胞狀態(tài)下固定蛋白質－DNA復合物，并將其隨機切斷為一定長度范圍內(nèi)的染色質小片段，然后通過免疫學方法沉淀此復合體，特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段，通過對目的片斷的純化與檢測，從而獲得蛋白質與DNA相互作用的信息。它能真實、完整地反映結合在DNA序列上的調(diào)控蛋白，是目前確定與特定蛋白結合的基因組區(qū)域或確定與特定基因組區(qū)域結合的蛋白質的一種很好的方法。CHIP不僅可以檢測體內(nèi)反式因子與DNA的動態(tài)作用，還可以用來研究組蛋白的各種共價修飾與基因表達的關系。而且，CHIP與其他方法的結合，擴大了其應用范圍：CHIP與基因芯片相結合建立的CHIP-on-chip方法已廣泛用于特定反式因子靶基因的高通量篩選；CHIP與體內(nèi)足跡法相結合，用于尋找反式因子的體內(nèi)結合位點；RNA-CHIP用于研究RNA在基因表達調(diào)控中的作用。由此可見，隨著CHIP的進一步完善，它必將會在基因表達調(diào)控研究中發(fā)揮越來越重要的作用。

   染色質免疫沉淀分析（ChiP）是基于體內(nèi)分析發(fā)展起來的方法，它能真實、完整地反映結合在DNA序列上的調(diào)控蛋白，是目前確定與特定蛋白結合的基因組區(qū)域或確定與特定基因組區(qū)域結合的蛋白質的方法。

   ChiP技術和芯片技術的結合有利于確定全基因組范圍內(nèi)染色體蛋白的分布模式以及組蛋白修飾情況。