一場自德國而起的大腸桿菌疫情迅速蔓延，演變成世界范圍內zui大的STEC/HUS(腸出血性大腸桿菌)疫情之一，這也是德國*通報zui大STEC/HUS疫情，引發(fā)了歐洲，乃至的極大震動。這一事件發(fā)生后，不少科研機構都對這一疫情病原展開了追蹤和分析，zui終確認了這一暴發(fā)的腸出血性大腸桿菌(EHEC)疫情是由一種名為“O104:H4”的腸出血性大腸桿菌變種引起。

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2月來自麻省理工學院與哈佛大學Broad研究所的研究人員發(fā)表了題為“Genomic epidemiology of the Escherichia coli O104:H4 outbreaks in Europe, 2011”的文章，通過流行病學基因組分析方法(Genomic epidemiology)這一新熱點技術，評估了O104:H4這一變種的多樣性，并從中發(fā)現了多個SNPs，這將有助于科學家們更深入的了解細菌遺傳變化。相關成果公布在《美國國家*院刊》(PNAS)雜志上。
基因組學的發(fā)展無疑促進了不少領域的進步，近年來尤其是在流行病學研究方面，這一技術已經發(fā)揮出了重要的作用。在Science剛剛公布的2012年科研熱點預測中，Genomic epidemiology(基因組流行病學分析)就榜上有名，科學家們紛紛利用基因組技術來分析流行病，比如此次的德國大腸桿菌疫情，還有科學家利用基因組測序，分析了人體免疫對抗流感病毒的基因，發(fā)現個體是否容易得流感。

在這篇文章中，研究人員將去年5月-7月期間德國爆發(fā)的大腸桿菌變種，與7月份在法國西南部爆發(fā)的小規(guī)模大腸桿菌疫情的變種進行了比對分析，并進行了分子流行病學分析。通過多平臺全基因組測序分析，研究人員評估了去年爆發(fā)的大腸桿菌疫情變種的全部多樣性。
他們從德國疫情中分離的菌株顯示出的多樣性很少，在4個個體中只發(fā)現了2個SNPs，而從法國疫情中分離的菌株則有更高的遺傳多樣性——在7個個體中發(fā)現了19個SNPs。由此可見，德國疫情的菌株可能是法國疫情菌株中的一個亞集。

研究人員認為，從這種顯著的多樣性差別可以提出幾種假說，比如德國分離出的菌株可能通過某種遺傳瓶頸清除了多樣性，或者這兩種大腸桿菌群體存在突變率的變化。
2011年的德國大腸桿菌疫情給我們留下了深刻的印象，國內研究人員也在追蹤病原等方面作出了努力，比如華大基因研究院等處的研究人員與德國的研究人員一道，揭示了這種變種的基因組大小為5.2Mb。并通過對序列的分析發(fā)現該菌株屬于血清型O104，但O104型大腸桿菌以前未見引起人類感染大規(guī)模爆發(fā)的報道。通過進一步比對分析發(fā)現該菌株與2002年從中非艾滋病患者腹瀉標本中分離的腸侵襲性大腸桿菌55989菌株的同源性超過93%。

來源：生物通