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一項(xiàng)困擾了科學(xué)家10年的AID研究難題近期宣告成功解決。研究人員確定了一個(gè)與艾滋病病毒繁殖相關(guān)的關(guān)鍵蛋白酶的晶體結(jié)構(gòu)。據(jù)稱這次研究的突破首先要?dú)w功于一批業(yè)余的網(wǎng)絡(luò)游戲玩家。
在9月18日的《自然結(jié)構(gòu)和分子生物學(xué)》(Nature Structural & Molecular Biology)雜志上,來(lái)自美國(guó)華盛頓大學(xué)的研究人員以“Crystal structure of a monomeric retroviral protease solved by protein folding game players”( 蛋白質(zhì)折疊游戲玩家揭示一種單分子逆轉(zhuǎn)錄病毒蛋白酶的晶體結(jié)構(gòu))發(fā)表了這一研究成果,并將科學(xué)家和游戲玩家署名為文章共同作者。
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這類(lèi)酶叫做逆轉(zhuǎn)錄病毒蛋白酶M-PMV,在艾滋病病毒成熟和自我復(fù)制過(guò)程中起重要作用。逆轉(zhuǎn)錄病毒是一種核糖核酸病毒。在宿主細(xì)胞中,它們通過(guò)逆轉(zhuǎn)錄酶,利用自身RNA基因組制造DNA;然后,病毒的基因通過(guò)整合酶(integrase)的作用同宿主DNA整合。自此,病毒就被當(dāng)做宿主基因的一部分自我復(fù)制。長(zhǎng)期以來(lái)研究人員希望能夠研制出新型抗艾滋病藥物,阻斷逆轉(zhuǎn)錄蛋白酶的作用。然而科學(xué)家并不能確定逆轉(zhuǎn)錄病毒蛋白酶確切的分子結(jié)構(gòu),因此相應(yīng)的努力也障礙重重。
在付出多次嘗試失敗后,華盛頓大學(xué)的研究人員轉(zhuǎn)而將希望放在了一款名為Foldit的游戲上,這是由華盛頓大學(xué)的計(jì)算機(jī)科學(xué)與工程學(xué)系和生物化學(xué)學(xué)系的研究人員于2008年聯(lián)合開(kāi)發(fā)的一款具有濃厚科學(xué)色彩的網(wǎng)絡(luò)游戲。游戲玩家要做的是,在給定一個(gè)目標(biāo)蛋白質(zhì)后,在遵守科學(xué)規(guī)律的前提下,用氨基酸如搭積木一樣把目標(biāo)蛋白質(zhì)“搭建”出來(lái),從而得出實(shí)際的蛋白質(zhì)模型。
Foldit游戲玩家并不需要擁有生物科學(xué)訓(xùn)練背景。只需擁有良好的空間推理能力,遵守預(yù)先設(shè)定的規(guī)則,熟練地操縱該游戲即有可能成為Foldit高手。Foldit玩家每次成功破解游戲都可獲得積分,提升自己在游戲世界的度。此外玩家還可以創(chuàng)立加入小組,分享各自的方案,共同探討解析游戲中的難題。頗感意外的是,在數(shù)千游戲玩家的參與下,只用了三個(gè)星期研究人員就得到了非常的逆轉(zhuǎn)錄病毒蛋白酶3D結(jié)構(gòu)模型。
“我們想看看在計(jì)算機(jī)方法失敗的情況下利用人的直覺(jué)是否能夠獲得成果,”華盛頓大學(xué)生物化學(xué)系的Firas Khatib博士表示:"玩家們的創(chuàng)造力和想象力著實(shí)令我們吃驚,只要加以正確的指導(dǎo),相信他們能在更廣闊的科研領(lǐng)域有所作為。"
“人們都有空間推理能力,而這是計(jì)算機(jī)所不擅長(zhǎng)的,游戲?yàn)橛?jì)算機(jī)和人類(lèi)能力相結(jié)合提供了一個(gè)平臺(tái)。”華盛頓大學(xué)計(jì)算機(jī)科學(xué)家Seth Cooper說(shuō),他同時(shí)也是Foldit的開(kāi)發(fā)帶頭人,“結(jié)果表明游戲這種形式與自然科學(xué)、電子計(jì)算機(jī)的運(yùn)用相結(jié)合,或許能夠?yàn)槟切┻^(guò)去難以想象的復(fù)雜問(wèn)題提供新的解決辦法。”
研究人員表示這一研究成果不僅標(biāo)志著人類(lèi)有望在艾滋病毒(HIV)和艾滋?。ˋIDS)研究領(lǐng)域獲得重大突破。還有可能推動(dòng)人類(lèi)了解癌癥和帕金森癥等多種疾病的病因病理,進(jìn)而研制出有針對(duì)性的治療藥物。
來(lái)源:生物通
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