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閱讀:868發(fā)布時間:2012-5-29
由于缺少在全基因組范圍內(nèi),對5-羥甲基胞嘧啶(5hmC)進行單個堿基水平分辨率的作圖手段,對5hmC的研究一直進展緩慢。傳統(tǒng)的親和純化手段不能準確定位5hmC,也不能確定它在每一修飾位點的相對豐度。Chuan He等人運用Tet輔助的重亞硫酸鹽測序(TAB-Seq)技術(shù),與傳統(tǒng)的重亞硫酸鹽測序技術(shù)結(jié)合,在基因組范圍內(nèi)以單個堿基的分辨率對5hmC進行作圖,并確定5hmC與5mC的相對豐度。
將這一技術(shù)應(yīng)用于胚胎干細胞,他們不僅證實了5hmC在哺乳動物基因組中廣泛分布,而且顯示5hmC位點更易于出現(xiàn)在某些特殊序列當中,并具有在兩條DNA鏈分布的不對稱性。他們還發(fā)現(xiàn)鄰近轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的DNA位點存在高水平的5hmC和低水平的5mC。此外,5hmC分布水平在不同功能序列元件之間差異也很大。這提示5hmC的修飾和保持在這些元件之間的機制是不同的。
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