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DNA甲基化研究方法的回顧與評價

閱讀:1742發(fā)布時間:2010-4-28

液相色譜柱(HPLC)及相關方法
HPLC是一種比較傳統(tǒng)的方法,能夠定量測定基因組整體水平DNA甲基化水平。它由Kuo等1980年[18]報道。過程是將DNA樣品先經(jīng)鹽酸或氫氟酸水解成堿基,水解產(chǎn)物通過色譜柱,結果與標準品比較,用紫外光測定吸收峰值及其量,計算5mC/(5mC 5C)的積分面積就得到基因組整體的甲基化水平。這是一種檢測DNA甲基化的標準方法。但它需要較精密的儀器。Fraga等2002年[19]運用毛細管電泳法(HPCE)處理DNA水解產(chǎn)物,以確定5mC的水平。與HPLC相比,HPCE更加簡便、快速、經(jīng)濟。HPLC及HPCE測定基因組整體DNA甲基化水平的敏感性均較高。Oefner等1992年[20]提出變性液相色譜法(DHPLC)用于分析單核苷酸和DNA分子。鄧大君等2001[21]將其改進與PCR聯(lián)用建立了一種檢測甲基化程度的DHPLC分析方法。將重亞硫酸鹽處理后的產(chǎn)物進行差異性擴增,由于原甲基化的在重亞硫酸鹽處理時仍被保留為胞嘧啶,因此原甲基化的在PCR擴增時,其變性溫度也相應上升,使PCR產(chǎn)物在色譜柱中保留的時間明顯延長,這樣就可以測定出PCR產(chǎn)物中甲基化的情況。
這種方法的zui明顯優(yōu)點是:可用于高通量混合樣本檢測,能夠明確顯示目的片段中所有CpG位點甲基化的情況,但不能對甲基化的CpG位點進行定位。

2.1.2SssI甲基轉移酶法[22]
SssI甲基轉移酶能夠催化DNA的CpG位點發(fā)生甲基化。3H-S-腺苷*(3H-SAM)在SssI甲基轉移酶催化作用使基因組DNA的CpG位點發(fā)生甲基化。通過測定剩余的放射性標記的SAM即可得到原基因組整體甲基化水平,即測到的放射性強度與所測DNA甲基化水平成反比。這種方法的缺點是所使用的SssI甲基轉移酶不穩(wěn)定,致結果不夠。
2.1.3免疫化學法[23]
這種方法是基于單克隆抗體能夠與5mC發(fā)生特異性反應。應用熒光素標記抗體使之與預先已固定在DEAE膜上的樣品DNA特異性結合,對DEAE膜上的熒光素進行掃描得到5mC的水平,其熒光素強度與5mC水平成正比。Oakeley等1997年[23]報道了這種方法。這種方法需要精密的儀器。
2.1.4氯乙醛法
Oakeley等1999年[24]首先描述了這種使用氯乙醛和熒光標記的方法。首先,將DNA經(jīng)重亞硫酸鹽處理使未甲基化的胞嘧啶全部轉變?yōu)?,而甲基化的胞嘧啶保持不變(Frommer等1992年)[25],然后經(jīng)過銀或色譜柱去除DNA鏈上的嘌呤,再將樣品與氯乙醛共同孵育,這樣5mC就轉變?yōu)閹в袕姛晒獾囊蚁┌奏?,熒光的強度與原5mC的水平成正比。這種方法可以直接測定基因組整體5mC水平。其優(yōu)點是所用試劑價格低廉且穩(wěn)定性好,避免了放射性污染,但缺點是費時費力,而且氯乙醛是一種有毒的物質。
 

 

2.2特異性位點的DNA甲基化的檢測
 

2.2.1甲基化敏感性限制性內切酶(methylation-sensitiverestrictionEndonuclease,MS-RE)-PCR/Southern法
這種方法利用甲基化敏感性限制性內切酶對甲基化區(qū)的不切割的特性,將DNA消化為不同大小的片段后再進行分析。常使用的甲基化敏感的限制性內切酶有HpaⅡ-MspⅠ(識別序列CCGG)和SmaⅠ-Xmal(CCCGGG)等。由于后者識別的堿基數(shù)相對較多,其堿基序列在體內出現(xiàn)的概率相對較低,所以以前者即HpaⅡ-MspⅠ更常用。其中HpaⅡ和MspⅠ均能識別CCGG序列,然而當序列中的胞嘧啶發(fā)生甲基化時,HpaⅡ不切割,利用HpaⅡ-MspⅠ的這種屬性處理DNA,隨后進行Southern或PCR擴增分離產(chǎn)物,明確甲基化狀態(tài)[12][26]。
 


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