核酸擴(kuò)增技術(shù)典型代表是聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（polymerase chainreaction，PCR），其基本原理是設(shè)計(jì)并人工合成兩條寡核苷酸，作為引物，對(duì)應(yīng)于待測(cè)病原微生物某一段特異性序列的兩端，然后在體外模擬DNA體內(nèi)復(fù)制的過(guò)程反復(fù)擴(kuò)增，使靶序列放大上萬(wàn)倍甚至上百萬(wàn)倍而被檢測(cè)出來(lái)（一般是通過(guò)電泳來(lái)判斷是否有擴(kuò)增的核酸片段以及擴(kuò)增產(chǎn)物的大小是否正確）。如果檢測(cè)的核酸是RNA，則先把它反轉(zhuǎn)錄為DNA，然后進(jìn)行檢測(cè)。這類方法叫做反轉(zhuǎn)錄PCR（即RT-PCR）。
傳統(tǒng)的PCR技術(shù)可能會(huì)因?yàn)橐镌O(shè)計(jì)的不合理導(dǎo)致假陰性，也可能因?yàn)樾枰獙?duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行電泳而容易引起核酸污染，導(dǎo)致假陽(yáng)性的出現(xiàn)。此外，對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行電泳需要使用致癌物質(zhì)溴化乙錠，并且普通PCR難以定量檢測(cè)。近年來(lái)，針對(duì)PCR的上述缺點(diǎn)，發(fā)展了多種改良技術(shù)，其中zui突出的就是熒光PCR技術(shù)。
熒光PCR一般分為不帶探針的熒光PCR和含有探針的熒光PCR。在不帶探針的熒光PCR的體系中，熒光物質(zhì)是直接摻人到體系中或者標(biāo)記到引物上的，隨著特異性或非特異性擴(kuò)增產(chǎn)物的增加，熒光信號(hào)不斷增長(zhǎng)。在含有探針的熒光PCR的體系中，熒光物質(zhì)是標(biāo)記到探針上的，隨著特異性擴(kuò)增產(chǎn)物的增加，熒光信號(hào)不斷增長(zhǎng)。在不帶探針的熒光PCR的體系中，由于非特異性的擴(kuò)增產(chǎn)物的增加也會(huì)引起熒光信號(hào)不斷增長(zhǎng)，所以單純依靠熒光信號(hào)判斷結(jié)果會(huì)存在很大多假陽(yáng)性，所以需要檢測(cè)擴(kuò)增產(chǎn)物的Tm值，通過(guò)丁，值判斷擴(kuò)增是否為特異性擴(kuò)增。相對(duì)而言，含有探針的熒光PCR的特異性很強(qiáng)，只有特異性擴(kuò)增產(chǎn)物才會(huì)引起熒光信號(hào)的增長(zhǎng)。
目前zui常用的不帶探針的熒光PCR是SYBR Green I模式的熒光PCR技術(shù)，SYBR Green I能夠特異性結(jié)合雙鏈DNA，并且結(jié)合之后熒光信號(hào)驟然上升。這種模式的熒光PCR技術(shù)雖然特異性不如探針模式的熒光PCR，但是它適用于變異比較大的基因檢測(cè)，而探針模式的熒光PCR一般只適合于保守基因的檢測(cè)。
TaqMan檢測(cè)方法是一種常用的熒光PCR檢測(cè)方法。它的體系中除了一般PCR的內(nèi)容外，還有和擴(kuò)增片段內(nèi)部某一段序列相同或互補(bǔ)的探針。探針兩端分別標(biāo)記熒光物質(zhì)和熒光淬滅物質(zhì)。當(dāng)探針完好時(shí)，熒光物質(zhì)發(fā)出的熒光正好被熒光淬滅物質(zhì)吸收；當(dāng)探針被水解后，熒光物質(zhì)發(fā)出的熒光就不會(huì)被熒光淬滅物質(zhì)吸收。PCR擴(kuò)增時(shí)，Taq酶在引物的指導(dǎo)下擴(kuò)增模板DNA，當(dāng)合成到探針結(jié)合處，Taq酶繼續(xù)發(fā)揮其聚合酶的作用向前合成DNA，同時(shí)又發(fā)揮其5，一3，的DNA外切酶作用水解探針。由于模板DNA的擴(kuò)增和探針的水解相偶聯(lián)，所以模板DNA擴(kuò)增越多，被水解的探針就越多，熒光信號(hào)也就越強(qiáng)。TaqMan檢測(cè)技術(shù)具有高度特異性。這種高度特異性主要來(lái)自于兩個(gè)方面：①上下游引物和探針三道關(guān)卡控制其特異性，也就是說(shuō)某一核酸序列的三個(gè)部分必須按照先后順序都和上下游引物和探針三個(gè)序列相吻合，才能出現(xiàn)陽(yáng)性信號(hào)；②引物和探針都較長(zhǎng)，退火溫度較高，使非特異性擴(kuò)增概率減少。
動(dòng)物檢驗(yàn)檢疫中應(yīng)用較多的其他核酸擴(kuò)增技術(shù)還有核酸序列復(fù)制系統(tǒng)（nucleic acid sequence-based amplification，NASBA）技術(shù)。NASBA反應(yīng)原理是在人工合成的引物上添加T7 RNA聚合酶的結(jié)合位點(diǎn)，被檢測(cè)的RNA結(jié)合引物后，經(jīng)逆轉(zhuǎn)錄酶的作用合成cDNA并形成RNA／DNA雜交分子，此雜交分子經(jīng)RNA酶H水解其中RNA后，使得另一條引物可與cDNA結(jié)合，再在逆轉(zhuǎn)錄酶作用下合成雙鏈DNA分子，使得引物攜帶的T7RNA聚合酶的啟動(dòng)子活化，在T7 RNA聚合酶的作用下產(chǎn)生大量的反義RNA，又以反義RNA為模板，啟動(dòng)下一輪循環(huán)，zui終生成大量的反向RNA和雙鏈DNA，可以通過(guò)核酸雜交等方式可以對(duì)擴(kuò)增的產(chǎn)物進(jìn)行特異性檢測(cè)。
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