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合成生物學使科學家和工程師能夠創(chuàng)造自然界沒有的生物系統(tǒng)，或改變已經(jīng)存在的生物系統(tǒng)以執(zhí)行新穎的和有益于人的任務(wù)。這一新興的（emerging）的領(lǐng)域可看做是遺傳工程或基因工程的延伸，因為它也操縱和轉(zhuǎn)移基因。隨著它的進展，合成生物學越來越與納米技術(shù)和信息技術(shù)匯聚。例如納米科學家正在利用病毒作為電池部件，而DNA可以被看作就是信息，細胞是信息網(wǎng)絡(luò)。當人們認識到科學的這種相互性，就能幫助認識到倫理問題的相互性。人們談?wù)撨@些新興技術(shù)倫理學時往往用帶有連字號的術(shù)語，如gen-ethics（遺傳倫理學或基因倫理學）、nano-ethics（納米倫理學）、neuro-ethics（神經(jīng)倫理學）、synbio-ethics（合成生物倫理學）以及IT-ethics（信息技術(shù)倫理學）。隨著這些新興技術(shù)的匯聚，人們越來越清楚地看到它們之中的倫理問題頗為類似。
合成生物學提出的兩類倫理學問題，一類是概念性的倫理問題；一類是具體的非概念性的倫理問題。
概念性問題涉及生命有機體的正當性問題。1999年一組生命倫理學家研究了科學家zui小的基因組有機體的目標，認為這并沒有違反道德戒令，但提出了合成這種新的能獨立存活的有機體對生命概念的可能后果。“生命”的概念根據(jù)不同的理論情境有多種詮釋。從生物學觀點看，生命是區(qū)分活的有機體與無機物的條件。但生物學意義的生命與社會情境中的生命是不同的。例如在希臘文中Zoe用于所有生物共有的生命過程（類似中文的“生物”），而Bios是社會和文化層面的人類生命（類似中文的“生活”）。從語義學看，前者是“作為客體的身體”（bodies-as-objects），后者是“賦體的存在”（embodied beings），是與個體的、不可歸約的自我經(jīng)驗相的身體。且不說動物或人的生命，即使或變更簡單生命體，會對人類具有社會和文化層面的生命會有什么影響？例如我們生命后，會不會肆意對待所有生命，包括人類生命？這是人們關(guān)注的一個問題。這種關(guān)注有時用“不要扮演上帝的角色”的論點提出，認為目前所有生命有機體都是“自然”形成（或“上帝”創(chuàng)造）的，都是經(jīng)過千百萬年進化而來的，我們?nèi)绻O(shè)法去創(chuàng)造生命，可能會對整個自然界、地球上的所有物種，包括人類在內(nèi)產(chǎn)生始料不及的影響。與之相的就是人們提出了人類創(chuàng)造生命對環(huán)境可能影響的不確定性和復雜性問題。反對“要扮演上帝的角色”的人往往認為合成生命從根本上說是不應(yīng)該進行的。當然，這種觀點雖然不無道理，但難以立足。
具體的非概念性的倫理問題是如何評價受益和風險的問題的呢？
關(guān)于潛在的受益：受益可分兩類——推進基本知識和新產(chǎn)品。合成生物學有助于理解生命如何開始？一堆化合物如何成為活的生命？當然還有：生命是什么？物理學家Richard Feynman說：“我們不能我們不理解的東西。”分子生物學家Steven Benner說：“布丁的證明也許在于它。”科學家Benner希望合成生物學能夠使生物學假說得到更嚴格的檢驗。第二類受益是創(chuàng)造新的能源、新的可生物降解的塑料、清潔環(huán)境的新工具、藥物和武器的新方法。有希望使這些產(chǎn)品不僅是全新的，而且是更干凈、更好、更便宜的。
關(guān)于潛在的風險或傷害，大致可以分成兩大類：物理性（physical）傷害和非物理性（non-physical）傷害。物理性傷害包括生物安全（biosafety）和生物防護（biosecurity）問題。
生物安全問題：合成微生物與環(huán)境或其他有機體可能產(chǎn)生令人始料不及的相互作用，從而對環(huán)境和公共衛(wèi)生造成風險。為了負責任地發(fā)展應(yīng)用合成生物學必須預(yù)防或處理這些風險。合成微生物釋放入環(huán)境可能引起基因水平轉(zhuǎn)移和影響生態(tài)平衡，或發(fā)生演變產(chǎn)生異常功能，對環(huán)境和其他有機體產(chǎn)生的副作用。因此必須解決生物安全問題。
生物防護問題：這些倫理問題是指因使用合成的致死的和有毒的病原體進行恐怖主義襲擊、生物戰(zhàn)或種種惡意使用，尤其是如何生產(chǎn)這些病原體的知識和技能唾手可得時。合成生物學這種目的的使用包括生產(chǎn)生物武器，例如新的或改變了的致病病毒或細菌以及產(chǎn)生毒素的合成有機體。考慮到目前的知識，設(shè)計和生產(chǎn)全新病原體供恐怖主義和惡意使用是*有可能的。對恐怖主義的擔心引起了對這種有可能研制生物武器的具有“雙重”用途的生命科學研究是否應(yīng)禁止發(fā)表的爭論，例如抗疫苗的鼠疫的基因工程和小兒麻痹病毒的人工合成的研究成果應(yīng)不應(yīng)該發(fā)表。
潛在的非物理性傷害是對個體或社會的幸福安康（well-being）所造成的副面影響，涉及公正、平等、人際關(guān)系、人與自然關(guān)系等，有時難以言說。例如人們對合成生物學中、知識產(chǎn)權(quán)、商品化、重商主義等的爭論涉及人們對公平概念的不同觀點；合成生物學可能帶來的受益和風險如何公平分配是一個很重要的非物理性倫理問題；還有我們是否應(yīng)該利用合成生物學或其他技術(shù)增強人類的性狀和能力，則是另一個重要倫理問題。人們比較重視對物理性風險或傷害的管理，而不重視對非物理性風險或傷害的管理。
在發(fā)展和應(yīng)用合成生物學時，如何能夠做到受益zui大化、風險或傷害zui小化呢？存在著兩派觀點：熱心派和謹慎派。熱心派主張采取“占先性”（proactionary）觀點，認為對國家的zui大風險是技術(shù)得不到迅速發(fā)展，公眾、工業(yè)和經(jīng)濟喪失了增長的關(guān)鍵性機遇。按照這種觀點，對合成生物學的受益和風險的界定和權(quán)衡就會不同，對我們?nèi)绾螒?yīng)對也會有不同看法。人們對新興技術(shù)談到“管治”和“公共參與”，熱心派認為這主要是給公眾提供教育，他們主張zui低限度的管治，認為“自我管理”（self-regulation）即可，說“保護公眾免受合成生物學可能帶來的風險取決于科學共同體的意志、能力和自我管理的承諾”。
謹慎派則對自我管理是否明智表示懷疑。他們說，“請相信我，我是專家”這一說法，公眾已經(jīng)有所保留，因此主張采取一種“防范性”（precautionary）觀點，認為一種新物質(zhì)或一項新技術(shù)在有證據(jù)證明它是安全的以前應(yīng)該被認為是有危險的。根據(jù)這種觀點，證明的負擔落在主張使用這種物質(zhì)或發(fā)展這種技術(shù)的人身上。持這種觀點的人通常要求更多的管治和公眾參與，要求更透明，要求公司和政府向民眾提供更多的信息，要求產(chǎn)品上市前進行檢驗測試，要求第三方對風險受益進行評估。除了科學家自我管理外，他們要求外部管理和公眾參與，要求公眾在“上游”就參加管理，以避免重復過去發(fā)生的錯誤——例如石棉、chlorofluorocarbons、DDT和反應(yīng)停等在風險得到充分評估前就進行研發(fā)、應(yīng)用。
