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抗體革命缺乏系統(tǒng)的方法

時(shí)間:2016/3/28閱讀:1090
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    一只小鼠提醒了Clifford Saper這樣一個(gè)事實(shí):抗體正在誤導(dǎo)科學(xué)界。在994年到20年間,Clifford Saper擔(dān)任《比較神經(jīng)學(xué)》(Comparative Neurology)雜志的主編。在此期間,他看到了一大堆依靠抗體來(lái)標(biāo)記神經(jīng)遞質(zhì)及其受體位置的論文。2000年前后,基因敲除小鼠在生物領(lǐng)域大受歡迎,但結(jié)果令人不安。

   按道理說(shuō),基因敲除動(dòng)物的染色結(jié)果應(yīng)該和對(duì)照組小鼠的染色結(jié)果存在很大差別。但很多時(shí)候結(jié)果相同。據(jù)如今是波士頓貝絲·以色列·迪肯尼斯醫(yī)療中心(Beth Israel Deaconess Medical Center,BIDMC)神經(jīng)部門主席的Saper回憶,他們發(fā)現(xiàn)越來(lái)越多的論文因此被撤稿。同時(shí)Saper也意識(shí)到,他們?nèi)狈ο到y(tǒng)的方法來(lái)評(píng)估這些使用抗體的論文。

于是單個(gè)雜志革命開始了。Saper和編輯部的同事們提出了一條規(guī)則,要求作者提供論文中使用的抗體的廣泛驗(yàn)證數(shù)據(jù)。據(jù)Saper回憶,這條政策對(duì)文章的嚴(yán)謹(jǐn)性有很大好處,但對(duì)于論文的投稿不利。“很多作者會(huì)覺(jué)得麻煩,會(huì)選擇投稿到其它雜志。”但Saper堅(jiān)持這一原則。他的努力zui終形成了JCN抗體數(shù)據(jù)庫(kù),一個(gè)包含幾千個(gè)可信賴的神經(jīng)解剖學(xué)抗體的清單。

如今,醫(yī)學(xué)研究者仍然不斷遭遇抗體悲劇。zui常見(jiàn)的悲劇是騙人的抗體:購(gòu)買的用于檢測(cè)蛋白X的抗體優(yōu)先與蛋白Y結(jié)合(甚至可能*不與X結(jié)合)。另一個(gè)悲劇是可重復(fù)性差:用新抗體重復(fù)以前的實(shí)驗(yàn),發(fā)現(xiàn)結(jié)果無(wú)法重復(fù)。一個(gè)好項(xiàng)目因此擱淺(見(jiàn)文末:處于困境的抗體市場(chǎng))。

但技術(shù)的進(jìn)步和科學(xué)界的需求變化將會(huì)終結(jié)這個(gè)抗體泥潭。

抗體是生命科學(xué)領(lǐng)域zui常用的工具之一。zui普遍的用法是在 Western blot中揭示細(xì)胞或組織樣本中特定蛋白質(zhì)的表達(dá)量的多少。此外,它們也被用于免疫組化和免疫熒光染色,以便于在顯微鏡下可視化地觀察蛋白,以及其它各類基于抗體會(huì)與特定生物分子結(jié)合的實(shí)驗(yàn)。據(jù)網(wǎng)上生物試劑商城Biocompare 205年發(fā)表的一份報(bào)告估計(jì),科研用抗體市場(chǎng)規(guī)模達(dá)到25億美金,并且仍在增長(zhǎng)??贵w的選擇也讓人眼花繚亂——有數(shù)以百計(jì)的抗體供應(yīng)商。

在這一巨大市場(chǎng)的背景下,抗體的不可靠性問(wèn)題非常讓人警醒。特異性不足、敏感度和批次差異性等導(dǎo)致了錯(cuò)誤的科現(xiàn)和大量的科研精力浪費(fèi)??贵w的不可靠性造成了癌癥、代謝、老化、免疫學(xué)和細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)以及任何研究復(fù)雜的生物分子的領(lǐng)域的巨大損失。因抗體而造成的、在時(shí)間和資源方面的浪費(fèi)非常巨大。據(jù)估計(jì),每年因購(gòu)買質(zhì)量差的抗體導(dǎo)致的損失達(dá)到8億美金,更不要說(shuō)所造成的無(wú)數(shù)的錯(cuò)誤結(jié)論、不可解釋的(或曲解)實(shí)驗(yàn),以及浪費(fèi)了的病人樣本和增加了的徒勞的研究時(shí)間。

瑞典*理工學(xué)院(Royal Institute of Technology)的研究員Mathias Uhlén表示,因抗體而造成的挫敗已經(jīng)太多了,是時(shí)候做出改進(jìn)了。“學(xué)界對(duì)解決這個(gè)問(wèn)題懷有很大興趣。”

勢(shì)在必行

對(duì)抗體的不滿意激勵(lì)了各領(lǐng)域人士采取行動(dòng)。今年9月,Uhlén主持了由人類蛋白質(zhì)組組織(Human Proteome Organization,總部在溫哥華,一個(gè)財(cái)團(tuán)支持的、研究蛋白質(zhì)的大型項(xiàng)目)舉辦的抗體驗(yàn)證工作組成立大會(huì)。同月,美國(guó)實(shí)驗(yàn)生物學(xué)學(xué)會(huì)聯(lián)合會(huì)( Federation of American Societies for Experimental Biology)主辦的圓桌會(huì)議也探討了抗體問(wèn)題,預(yù)計(jì)明年年初發(fā)布抗體選擇建議。美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院(National Institutes of Health, NIH)也參與了這次會(huì)議。從明年月起,基金分配必須包含驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)所需的抗體和其它關(guān)鍵資源質(zhì)量的項(xiàng)目。長(zhǎng)遠(yuǎn)的解決方案很可能在明年9月在由生物標(biāo)準(zhǔn)研究所(Global Biological Standards Institute)主辦的會(huì)議上敲定。會(huì)議將在加利福尼亞州阿西羅馬舉行。40年前的這個(gè)會(huì)議上,科學(xué)家們謹(jǐn)慎敲定了利用基因重組技術(shù)操控DNA的細(xì)則。

美國(guó)國(guó)立綜合醫(yī)學(xué)科學(xué)研究所(National Institute of General Medical Sciences)主任Jon Lorsch指出,他們希望,學(xué)界能提出一致同意的解決方案。如此這樣,基金申請(qǐng)人和基金評(píng)委在描述如何認(rèn)證材料時(shí),都將有據(jù)可依。

其中一種解決方案就是使用明確了抗體重要標(biāo)準(zhǔn)的菜單。Uhlén提到,他們關(guān)注的,不是抗體的好與壞,而是在特定實(shí)驗(yàn)、特定上下文中抗體的效果。 評(píng)價(jià)體系可能包括利用基因敲減和敲除,來(lái)驗(yàn)證在目標(biāo)蛋白缺乏的情況下,抗體是否仍會(huì)發(fā)生結(jié)合。另一種方法是把靶蛋白帶上熒光標(biāo)簽,驗(yàn)證抗體是否會(huì)與未標(biāo)記的蛋白發(fā)生結(jié)合。還可以把新抗體和質(zhì)量好的抗體進(jìn)行比較。zui后,研究者可以通過(guò)質(zhì)譜儀來(lái)檢測(cè)分析抗體能與哪些分子結(jié)合。

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