原核生物基因組的多樣化，是通過(guò)從其他的基因組獲得的DNA的能力來(lái)維持的。然而，在DNA轉(zhuǎn)移的過(guò)程中，一些遺傳元件可能會(huì)感染并入侵基因組。該細(xì)菌細(xì)胞的自然轉(zhuǎn)化過(guò)程的發(fā)現(xiàn)，也促進(jìn)了上個(gè)世紀(jì)分子生物學(xué)的大發(fā)展。出人意料的是，一項(xiàng)新的研究表明，原核生物中的有性生殖過(guò)程，即其自然轉(zhuǎn)化機(jī)制，可以有效地治愈基因組的損傷，抵消之前基因交流過(guò)程導(dǎo)致的遺傳元件的感染。水平基因轉(zhuǎn)移（HGT）是原核生物維持遺傳多樣性的一個(gè)關(guān)鍵因素。在自然種群中，水平基因轉(zhuǎn)移的頻率是非常高的，導(dǎo)致物種的基因庫(kù)中較少有比較高頻的核心基因，而有很多非常低頻的基因。這些低頻的基因造就了原核生物基因組的多樣性。這些基因還能夠在不同的基因組間轉(zhuǎn)移，作為一種可移動(dòng)的遺傳元件，但是他們更像一種基因組的寄生蟲(chóng)。因此，有特殊特性的水平基因轉(zhuǎn)移往往伴隨著（轉(zhuǎn)化過(guò)程）代價(jià)高昂的可移動(dòng)遺傳元件出現(xiàn)。Croucher、Fraser和同事們提出，小片段DNA的重組過(guò)程可能構(gòu)成了轉(zhuǎn)化過(guò)程中，細(xì)菌基因組遺傳物質(zhì)缺失的基礎(chǔ)。天然轉(zhuǎn)化允許環(huán)境中的DNA被攝取到細(xì)胞。轉(zhuǎn)化過(guò)程由專(zhuān)門(mén)的受體細(xì)胞負(fù)責(zé)，受體細(xì)胞中會(huì)表達(dá)轉(zhuǎn)化機(jī)器，并zui傾向于近親族群間的DNA交換。DNA的到達(dá)細(xì)胞內(nèi)時(shí)是以單鏈的形態(tài)存在的，如果它不降解，就可以通過(guò)同源重組整合進(jìn)入受體細(xì)胞基因組中高度序列相似性的區(qū)域。這導(dǎo)致染色體的一小部分與外源DNA之間進(jìn)行等位基因交換。根據(jù)轉(zhuǎn)化DNA和受體基因組之間的序列相似性的程度，以及重組機(jī)制的不同，替代重組過(guò)程也可能會(huì)發(fā)生。高相似性的區(qū)域側(cè)翼的非同源的DNA，可以通過(guò)雙同源重組被整合進(jìn)基因組。混合型的同源和異常重組的序列相似性要求不太嚴(yán)格。這些還會(huì)過(guò)程導(dǎo)致染色體DNA 的小部分缺失。這些替代重組途徑使細(xì)菌失去或者獲得新的遺傳信息。進(jìn)入細(xì)菌細(xì)胞的外源DNA攜帶著側(cè)翼的移動(dòng)元件和核心基因，但如果缺少這些側(cè)翼的移動(dòng)元件，僅剩的核心基因可以成為模板來(lái)刪除受體基因組中和核心基因同源的DNA片段。重要的是，這種機(jī)制可以有效地刪除原核生物種群基因組中的低頻DNA片段。入侵受體的移動(dòng)遺傳元件zui初在種群中呈現(xiàn)低頻狀態(tài)，這些低頻的入侵元件逐漸早原核生物的轉(zhuǎn)化過(guò)程中被刪除。因此，原核生物的自然轉(zhuǎn)化和基因重組將逐漸導(dǎo)致入侵基因組的遺傳元件（或者基因寄生蟲(chóng)）片段被刪除掉，比如可以逐漸清除噬菌體、致病性的遺傳島等等。計(jì)算機(jī)模擬顯示，自然轉(zhuǎn)化導(dǎo)致的基因重組甚至可以抵消可移動(dòng)遺傳元件的水平轉(zhuǎn)播。移動(dòng)元件的刪除，對(duì)于原核生物來(lái)說(shuō)，可以認(rèn)為是基因組的一種自清潔過(guò)程，讓種群的基因庫(kù)變得更加健康。自然轉(zhuǎn)化導(dǎo)致染色體“治愈"模型，可能有助于解釋其他塑造原核生物基因組進(jìn)化的機(jī)制，而不僅僅是基因組中的可移動(dòng)元件的刪除。通過(guò)同源重組相關(guān)的可替代重組導(dǎo)致的基因組刪除，可以導(dǎo)致一些可移動(dòng)元件的清理，可以“治愈"基因組的損傷，可能是原核生物進(jìn)化出的一種保護(hù)機(jī)制。zui近的幾項(xiàng)研究已經(jīng)表明，該類(lèi)似于有性生殖的同源重組機(jī)制在原核生物功能創(chuàng)新和外來(lái)基因馴化等過(guò)程中的重要性。該模型可能也適用于解釋細(xì)胞之間傳送小的DNA片段的其他機(jī)制。染色體“治愈"模型的深入研究，可能有助于解開(kāi)他們?cè)谏鷳B(tài)和進(jìn)化中的重要影響。