原位雜交技術(shù)自創(chuàng)立以來，為基因的定位和表達(dá)、基因進(jìn)化、發(fā)育生物學(xué)、腫瘤學(xué)、微生物學(xué)、病理學(xué)、醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)和遺傳分析等領(lǐng)域研究提供了極其寶貴的資料，發(fā)揮了其他技術(shù)難以取代的作用。但不論是使用放射性核素探針，還是非放射性探針，大部分研究工作都還限于光鏡水平。為了對檢測的靶核酸進(jìn)行更的亞細(xì)胞定位，以及能觀察含靶核酸序列細(xì)胞的超微結(jié)構(gòu)，人們便將原位雜交與電鏡技術(shù)相結(jié)合，使原位雜交從光鏡水平延伸到電鏡水平。
 
    根據(jù)雜交反應(yīng)是在組織包埋前進(jìn)行、包埋后進(jìn)行還是在不經(jīng)包埋的細(xì)胞、染色體整體標(biāo)本或冷凍超薄切片上進(jìn)行，電鏡原位雜交技術(shù)大體上可分為包埋前、包埋后和不包埋三類。其中以包埋后法制片比較容易，應(yīng)用較廣泛。
 
    包埋后電鏡原位雜交的特點是雜交反應(yīng)在電鏡包埋后的超薄切片上進(jìn)行。這一技術(shù)能否成功的關(guān)鍵取決于電鏡包埋過程是否能把細(xì)胞中的靶核酸保留在它們原來所在的亞細(xì)胞結(jié)構(gòu)上。一般認(rèn)為，常規(guī)的包埋劑(疏水性樹脂)不適用于包埋后原位雜交。如環(huán)氧樹脂，需要在較高的溫度下(60~C)經(jīng)48小時才能聚合，長時間的高溫包埋過程會影響組織內(nèi)核酸的保留，而且樹脂的疏水性也不利于在親水條件下進(jìn)行的雜交反應(yīng)。包埋后原位雜交常用的包埋劑都是親水性樹脂，如Lowicryl K4M、比乙二醇甲基丙烯酸酯及LR White等。