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上海交通大學(xué),美國約翰霍普金斯大學(xué)的研究人員利用蛋白質(zhì)組芯片,以大腸桿菌ELISA試劑盒為模型,發(fā)現(xiàn)了一種全新的蛋白質(zhì)去乙?;竃cgC,這一研究成果2015年12月30日在eLIFE雜志在線發(fā)表。
上海交通大學(xué)系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)研究院陶生策研究員及約翰霍普金斯大學(xué)的朱衡教授和Philip A. Cole教授是本文的通訊作者。陶生策教授主要研究方向為蛋白質(zhì)芯片的構(gòu)建和應(yīng)用,構(gòu)建了世界上*張基于純化蛋白質(zhì)的肺結(jié)核桿分枝桿菌蛋白質(zhì)芯片,并以蛋白質(zhì)芯片為平臺在蛋白翻譯后修飾方面進行了系列有影響的工作。
蛋白質(zhì)是由基因所編碼,蛋白質(zhì)ELISA試劑盒在其生命周期內(nèi)往往會被打上不同類型的修飾,而且這些修飾往往也是動態(tài)變化的。蛋白質(zhì)翻譯后修飾會以極其精細的方式影響和調(diào)控蛋白質(zhì)的功能。乙?;鳛橐环N重要且廣泛存在的蛋白質(zhì)翻譯后修飾類型,與一系列重要疾病密切相關(guān),影響眾多關(guān)鍵的生物學(xué)過程。隨著蛋白質(zhì)組技術(shù)的進步,目前已經(jīng)從低等的大腸桿菌到高等的人等眾多生物的細胞中發(fā)現(xiàn)了成千上萬的乙酰化修飾。蛋白質(zhì)的乙酰化由乙酰轉(zhuǎn)移酶和去乙?;杆{(diào)控。對應(yīng)海量的蛋白質(zhì)乙?;揎?,目前已知的乙?;负腿ヒ阴;笖?shù)目非常有限,仍有相當數(shù)目的新酶有待發(fā)現(xiàn),一個關(guān)鍵問題是"如何實現(xiàn)乙?;嚓P(guān)酶的發(fā)現(xiàn)?"。針對這一問題,本文作者發(fā)展了一套稱之為"Clip-chip"的技術(shù),在大腸桿菌蛋白質(zhì)組芯片的基礎(chǔ)上,進行了全局性蛋白質(zhì)去乙?;傅陌l(fā)現(xiàn),發(fā)現(xiàn)了一種新的去乙?;竃cgC。該酶能夠非常地去除底物蛋白RutR賴氨酸52位和賴氨酸62位的乙?;?。已知的蛋白質(zhì)去乙?;傅幕钚砸蕾囉贜AD+或者Zn2+,但YcgC的去乙?;钚圆⒉灰蕾囉谝陨蟽烧摺_M一步的功能實驗表明,YcgC通過去乙?;绊慠utR的轉(zhuǎn)錄調(diào)控活性。在實驗中作者還發(fā)現(xiàn)RutR具有蛋白酶活性,YcgC通過去乙?;軌蛘{(diào)節(jié)RutR的蛋白酶活性。作者比較了YcgC與大腸桿菌中*的去乙?;窩obB對大腸桿菌表達譜的影響,結(jié)果表明,兩者既有相似點,也有較大的不同,提示YcgC的底物譜與CobB的可能有較大的不同。通過全基因合成,作者獲得了來源于多個其它細菌的大腸桿菌YcgC的同源基因ELISA試劑盒克隆,表達測試表明這些克隆所表達的蛋白均具有蛋白質(zhì)去乙酰化酶活性。
本研究所發(fā)現(xiàn)的YcgC可能代表一個全新的蛋白質(zhì)去乙?;讣易?。同時本研究中所發(fā)展的Clip-Chip技術(shù)具有通用性,可方便地移植于其它酶的發(fā)現(xiàn)中。
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