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二氧化氯對藻類的控制主要是因為它對苯環(huán)非常類似，二氧化氯也同樣能作用于吡咯環(huán)。這樣，二氧化氯氧化葉綠素，植物新陳代謝終止，使得蛋白質(zhì)的合成中斷。這個反應結(jié)果對植物的損害在于原生質(zhì)脫水而帶來高滲的收縮（質(zhì)壁分離），這是個不可逆的過程，導致藻類死亡。所以現(xiàn)在用二氧化氯發(fā)生器發(fā)生出的二氧化氯是消滅藻類的設備。
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