【實驗目的】
1、掌握蛋白質(zhì)序列檢索的操作方法；
2、熟悉蛋白質(zhì)基本性質(zhì)分析；
3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白質(zhì)功能預測，了解基于motif、 結(jié)構(gòu)位點、結(jié)構(gòu)功能域數(shù)據(jù)庫的蛋白質(zhì)功能預測；
4、了解蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測。
【實驗內(nèi)容】
1、使用Entrez或SRS信息查詢系統(tǒng)檢索人脂聯(lián)素 (adiponectin)蛋白質(zhì)序列；
2、使用BioEdit軟件對上述蛋白質(zhì)序列進行分子質(zhì)量、氨基酸組成、和疏水性等基本性質(zhì)分析；
3、對人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列進行基于NCBI/Blast軟件的蛋白質(zhì)同源性分析；
4、對人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列進行motif結(jié)構(gòu)分析；
5、對人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列進行二級結(jié)構(gòu)和三維結(jié)構(gòu)預測。
【實驗方法】
1、人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的檢索：
（1）調(diào)用Internet瀏覽器并在其地址欄輸入Entrez(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez)；
（2）在Search后的選擇欄中選擇protein；
（3）在輸入欄輸入homo sapiens adiponectin；
（4）點擊go后顯示序列接受號及序列名稱；
（5）點擊序列接受號NP_004788 (adiponectin precursor; adipose most abundant gene transcript 1 [Homo sapiens])后顯示序列詳細信息；
（6）將序列轉(zhuǎn)為FASTA格式保存(參考上述步驟使用SRS信息查詢系統(tǒng)檢索人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列)；
2、使用BioEdit軟件對人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列進行分子質(zhì)量、氨基酸組成和疏水性等基本性質(zhì)分析：
打開BioEdit軟件→將人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的FASTA格式序列輸入分析框→點擊左側(cè)序列說明框中的序列說明→點擊sequence欄→選擇protein→點擊Amino Acid Composition→查看該蛋白質(zhì)分子質(zhì)量和氨基酸組成；
或者選擇protein后，點擊Kyte Doolittle Mean Hydrophobicity Profile→查看該蛋白質(zhì)分子疏水性水平；
3、人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的蛋白質(zhì)同源性分析：
（1）進入NCBI/Blast網(wǎng)頁；
（2）選擇Protein-protein BLAST (blastp) ；
（3）將FASTA格式序列貼入輸入欄；
（4）點擊BLAST；
（5）查看與之同源的蛋白質(zhì)；
4、人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的motif結(jié)構(gòu)分析：
（1）進入http://hits.isb-sib.ch/cgi-bin/PFSCAN網(wǎng)頁；
（2）將人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的FASTA格式序列貼入輸入欄；
（3）點擊Scan；
（4）查看分析結(jié)果（注意Prosite Profile中的motif information）；
5、人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的二級結(jié)構(gòu)預測：
（1） 進入下列蛋白結(jié)構(gòu)預測服務器：
http//www.embl-heidelberg.de/predictprotein//predictprotein.html (The PredictProtein Server)；
（2）在You can欄點擊default；
（3）填寫地址和序列名稱；
（4）將人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的FASTA格式序列貼入輸入欄點擊Submit；
（5）從信箱查看分析結(jié)果；
6、人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的三維結(jié)構(gòu)預測：
（1） 進入
http//www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html （SwissModel First Approach Mode）網(wǎng)頁；
（2）填寫地址、姓名和序列名稱；
（3）將人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的FASTA格式序列貼入輸入欄；
（4）點擊Send Request；
（5）從信箱查看分析結(jié)果（注：需下載軟件入rasmol查看三維圖象）。
【作業(yè)】
1、提交使用上述軟件對人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列進行基本性質(zhì)分析、同源性分析、motif結(jié)構(gòu)分析以及二級結(jié)構(gòu)和三維結(jié)構(gòu)預測的結(jié)果；
2、相互對比結(jié)果，說明產(chǎn)生不同結(jié)果的原因，總結(jié)進行上述分析所需注意的關鍵事項。

來源：dict.bbioo.com