長非編碼RNA（lncRNA）是長達兩百個核苷酸以上的轉(zhuǎn)錄本。雖然lncRNA沒有編碼任何蛋白質(zhì)，但它們在不同組織和發(fā)育階段的表達依然具有特異性，這說明lncRNA具有重要的生物學意義。細胞中絕大多數(shù)lncRNA位于細胞核，它們對應的DNA區(qū)域有的與蛋白編碼基因重疊，有的位于基因間或者內(nèi)含子中。
只有在結(jié)構域的水平上進行研究，才能夠深入理解lncRNA的功能。問題是人們一直沒有找到合適的方法。
研究人員首先設計了*化的反義寡核苷酸池，來靶標lncRNA的特定結(jié)構域。隨后，他們通過交聯(lián)保護了細胞中的lncRNA互作，并利用超聲處理可lncRNA片段化，形成結(jié)構域大小的片段。（延伸閱讀：從互作揭開lncRNA的秘密）
研究人員將*化的寡核苷酸添加到不同的染色質(zhì)樣本中，使它們發(fā)生雜交。zui后通過鏈霉親和素磁珠，將lncRNA結(jié)構域連同它的互作搭檔一起純化出來。對這些純化產(chǎn)物進行分析（WB、逆轉(zhuǎn)錄定量PCR、定量PCR或者測序），就可以鑒定RNA-蛋白、RNA-RNA和RNA-染色質(zhì)的互作。
研究團隊使用dChIRP技術研究了一種稱為roX1的lncRNA，這是雄性果蠅劑量補償效應所需的lncRNA。雄性果蠅只有一個X染色體，其上的基因會出現(xiàn)加倍表達，這種現(xiàn)象就稱為劑量補償效應。這項研究揭示了roX1功能域的組成結(jié)構，向人們展示了由三個不同結(jié)構域組成的三指手掌結(jié)構。其中的三個指狀結(jié)構域負責與染色質(zhì)互作，是功能獨立的RNA亞單位。
