為探究生物進程的分子機制，需要確定介導這個過程的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)間的相互作用。研究蛋白質(zhì)間相互作用的主要技術(shù)總結(jié)如下：
一、酵母雙雜交系統(tǒng)
酵母雙雜交系統(tǒng)是當前廣泛用于蛋白質(zhì)相互作用組學研究的一種重要方法。其原理是當靶蛋白和誘餌蛋白特異結(jié)合后，誘餌蛋白結(jié)合于報道基因的啟動子，啟動報道基因在酵母細胞內(nèi)的表達，如果檢測到報道基因的表達產(chǎn)物，則說明兩者之間有相互作用，反之則兩者之間沒有相互作用。
將這種技術(shù)微量化、陣列化后則可用于大規(guī)模蛋白質(zhì)之間相互作用的研究。在實際工作中，人們根據(jù)需要發(fā)展了單雜交系統(tǒng)、三雜交系統(tǒng)和反向雜交系統(tǒng)等。Angermayr等設(shè)計了一個SOS蛋白介導的雙雜交系統(tǒng)。可以研究膜蛋白的功能，豐富了酵母雙雜交系統(tǒng)的功能。此外，酵母雙雜交系統(tǒng)的作用也已擴展至對蛋白質(zhì)的鑒定。
二、噬茵體展示技術(shù)
在編碼噬菌體外殼蛋白基因上連接一單克隆抗體的DNA序列，當噬菌體生長時，表面就表達出相應的單抗，再將噬菌體過柱，柱上若含目的蛋白，就會與相應抗體特異性結(jié)合，這被稱為噬菌體展示技術(shù)。
此技術(shù)也主要用于研究蛋白質(zhì)之間的相互作用，不僅有高通量及簡便的特點，還具有直接得到基因、高選擇性的篩選復雜混合物、在篩選過程中通過適當改變條件可以直接評價相互結(jié)合的特異性等優(yōu)點。
目前，用優(yōu)化的噬菌體展示技術(shù)，已經(jīng)展示了人和鼠的兩種特殊細胞系的cDNA文庫，并分離出了人上皮生長因子信號傳導途徑中的信號分子。
三、等離子共振技術(shù)
表面等離子共振技術(shù)（SurfacePlasmonResonance，SPR）已成為蛋白質(zhì)相互作用研究中的新手段。它的原理是利用一種納米級的薄膜吸附上“誘餌蛋白”，當待測蛋白與誘餌蛋白結(jié)合后，薄膜的共振性質(zhì)會發(fā)生改變，通過檢測便可知這兩種蛋白的結(jié)合情況。SPR技術(shù)的優(yōu)點是不需標記物或染料，反應過程可實時監(jiān)控。測定快速且安全，還可用于檢測蛋白一核酸及其它生物大分子之間的相互作用。
四、熒光能量轉(zhuǎn)移技術(shù)
熒光共振能量轉(zhuǎn)移（FRET）廣泛用于研究分子間的距離及其相互作用;與熒光顯微鏡結(jié)合，可定量獲取有關(guān)生物活體內(nèi)蛋白質(zhì)、脂類、DNA和RNA的時空信息。
隨著綠色熒光蛋白（GFP）的發(fā)展，F(xiàn)RET熒光顯微鏡有可能實時測量活體細胞內(nèi)分子的動態(tài)性質(zhì)。提出了一種定量測量FRET效率以及供體與受體間距離的簡單方法，僅需使用一組濾光片和測量一個比值，利用供體和受體的發(fā)射譜消除光譜間的串擾。該方法簡單快速，可實時定量測量FRET的效率和供體與受體間的距離，尤其適用于基于GFP的供體受體對。
五、抗體與蛋白質(zhì)陣列技術(shù)
蛋白芯片技術(shù)的出現(xiàn)給蛋白質(zhì)組學研究帶來新的思路。蛋白質(zhì)組學研究中一個主要的內(nèi)容就是研究在不同生理狀態(tài)下蛋白水平的量變，微型化，集成化，高通量化的抗體芯片就是一個非常好的研究工具，他也是芯片中發(fā)展zui快的芯片，而且在技術(shù)上已經(jīng)日益成熟。這些抗體芯片有的已經(jīng)在向臨床應用上發(fā)展，比如腫瘤標志物抗體芯片等，還有很多已經(jīng)應用再眼就的各個領(lǐng)域里。
六、免疫共沉淀技術(shù)
免疫共沉淀主要是用來研究蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)相互作用的一種技術(shù)，其基本原理是，在細胞裂解液中加入抗興趣蛋白的抗體，孵育后再加入與抗體特異結(jié)合的結(jié)合于Pansobin珠上的*蛋白A（SPA），若細胞中有正與興趣蛋白結(jié)合的目的蛋白，就可以形成這樣一種復合物：“目的蛋白—興趣蛋白—抗興趣蛋白抗體—SPA\|Pansobin”，因為SPA\|Pansobin比較大，這樣復合物在離心時就被分離出來。
經(jīng)變性聚丙烯酰胺凝膠電泳，復合物四組分又被分開。然后經(jīng)Westernblotting法，用抗體檢測目的蛋白是什么，是否為預測蛋白。這種方法得到的目的蛋白是在細胞內(nèi)天然與興趣蛋白結(jié)合的，符合體內(nèi)實際情況，得到的蛋白可信度高。
但這種方法有兩個缺陷：一是兩種蛋白質(zhì)的結(jié)合可能不是直接結(jié)合，而可能有第三者在中間起橋梁作用；二是必須在實驗前預測目的蛋白是什么，以選擇zui后檢測的抗體，所以，若預測不正確，實驗就得不到結(jié)果，方法本身具有冒險性。
七、pull-down技術(shù)
蛋白質(zhì)相互作用的類型有牢固型相互作用和暫時型相互作用兩種。牢固型相互作用以多亞基蛋白復合體常見，通過免疫共沉淀（Co-IP）、Pull-down技術(shù)或Far-western法研究。Pull-down技術(shù)用固相化的、已標記的餌蛋白或標簽蛋白（*-、PolyHis-或GST-），從細胞裂解液中釣出與之相互作用的蛋白。
通過Pull-down技術(shù)可以確定已知的蛋白與釣出蛋白或已純化的相關(guān)蛋白間的相互作用關(guān)系，從體外傳路或翻譯體系中檢測出蛋白相互作用關(guān)系。
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